涠洲岛旅游区综合管理局

履行渔政、渔港监督、安监、港务、道路与交通运输管理等职责；负责旅游区征地拆迁工作；履行违章建筑处罚、海洋与陆地交通运输、旅游环境综合整治、食品与卫生监督、环境保护、知识产权保护等综合执法职责；承担与旅游区内解放军和武警部队、公安、司法、海关、海事、检验检疫、工商、质量技术监督等机构的联系和协调工作。

涠洲岛旅游区建设开发局

负责组织实施经市政府批准的旅游区总体规划和控制性详规；负责建设工程的报建及管理，核发《建筑施工许可证》；负责工程项目的质量监督、检查和参与竣工验收，对工程项目违章施工进行调查和处理；负责户外广告监督管理；负责旅游区内土地与房产权属调查，登记、发证审核；负责旅游区内基础设施规划建设方案的制定和组织实施；承担建设项目选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、修建性详细规划的审批工作；履行旅游区周边海域使用管理职责；负责旅游区内环境保护工作。

涠洲岛旅游区财政局

统筹管理旅游区的财政工作；监督管理直属单位的财务工作和国有资产，管理投融资平台；负责土地出让金等资金的征收和管理；负责与税务部门和金融机构的联系与协调工作。

涠洲岛旅游区经济发展局

负责旅游区产业政策制定，编制旅游区经济社会发展规划和年度计划并组织实施；负责对外宣传、项目招商、投资企业资格审查、项目核准备案工作；承办服务、贸易业务的审批、管理及为企业代办服务；负责旅游区的统计、物价等工作；负责产业管理工作。承担联系和协调交通、通信、供水、供电等方面工作。

工委、管委党政办公室

负责公文处理、综合协调和机要、保密、接待、行政后勤管理工作；承办正科级以下（含正科）干部的任免、调配、奖惩及编制管理工作；承担党务、纪检监察、工会、共青团和妇女工作。