根据上述职能，巫溪县卫生局设7个内设机构：

(一)办公室

负责会议组织、文电处理、秘书事务、行政公务、新闻宣传、期刊管理、卫生系统信息化建设；负责人大议案、政协提案办理、信访等工作；负责机关资产、房产、后勤服务和安全保卫工作。

（二）人事科教科

负责医疗卫生单位干部职工的职业道德教育；制定全县卫生人才发展规划和卫生人员职业道德规范；组织实施卫生专业技术人员职称评定工作、职工年度考核、事业单位年检；负责在岗干部、职工管理；负责人员编制、工资以及离退休干部的管理和服务、人事档案管理工作；负责继续医学教育并组织实施；负责下属单位领导干部考核和乡镇(含中心)卫生院领导的考核工作。组织实施全县预防和控制“四害”工作，组织实施农村村组改水和卫生厕所建设；组织实施农村饮用水水质卫生监测及卫生学评价。

(三)疾病控制和法制监督科

负责重大疾病的预防和控制，制定重大疾病防治规划；管理传染病、地方病、慢性非传染性疾病及寄生虫病的防治；组织或指导对不明原因疾病、新发疾病的调查；依法组织调度全县的卫生技术力量，协助县人民政府对重大疫情实施紧急处置，防止疫情的蔓延，协调有关部门做好全县狂防工作；负责巫溪县预防医学会工作；负责卫生行政执法的监督管理和卫生行政复议、行政应诉工作。

(四)农村卫生科（妇幼保健和社区卫生科）

负责全县乡镇(含中心)卫生院、合作医疗、乡村一体化、乡村医生的管理工作；研究制定农村卫生、社区卫生、妇幼保健和健康教育计划、服务标准，并组织实施；制定初级卫生保健规划并组织实施。

(五)医政科

负责制订全县医疗事业的发展规划、医疗机构设置规划和机构资质审批、执业登记等工作；组织成人医学教育；组织执业医师、执业护士的考试、考核和注册登记工作；依法监督管理采血、供血渠道及临床用血质量；负责医疗质量管理和组织协调医疗事故的技术鉴定、医疗纠纷的处理，负责监督管理医疗机构内部药事工作；负责医疗急救和重大突发性事件人员伤亡的紧急医疗救护组织指挥工作，负责卫生下乡的组织工作。协同有关部门做好医保工作。负责医学会工作。制订中医、中西医结合发展规划和年度计划；负责中医、中西医结合医疗机构的规划、机构资质审批；负责中医、中西医药结合医疗机构专科建设工作；组织对传统中医药理论、医术、药物的发展、整理、总结、提高和推广。负责红十字会相关工作。

(六)规划财务科

指导县域卫生规划工作；统筹规划与协调全县卫生资源配置；加强医疗卫生单位的财务监管；负责卫生事业费的预、决算和财务会计制度的实施，引进和利用国内外建设项目资金，加强专项资金的管理；负责卫生统计信息、内部财务审计工作；负责大型医疗仪器设备的配置和医疗机构基建项目及国有资产的监督管理；负责项目经费监管工作；负责局机关财务工作。

(七)卫生应急办公室

拟定全县卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；负责对突发公共卫生事件和其他突发事件实施预防控制以及紧急医学救援；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；负责对重大灾害、恐怖、中毒事件及其他事故等组织实施紧急医学救援；发布突发公共卫生事件应急处置信息。