根据上述职责，巫溪县环境保护局设6个内设机构：

(一)办公室

职责：拟订局机关内部的工作制度并督促实施；组织协调局机关的日常工作;承担文秘、档案、信访、政务接待、保密、政务信息、政务公开等机关工作；负责市县目标考核、党政一把手环保实绩考核等工作；拟订和组织实施环境保护宣传教育等工作；负责编报环保财务发展和建设中长期规划与年度计划；编制环保系统建设项目及财务预决算；监督全县环保建设资金的管理和使用；研究提出环保发展的经济调节意见；管理环保专项资金；监管国有环保资产；反映、监督和管理机关财务；负责环保行业内部审计；负责思想政治、组织人事、干部管理以及后勤保障及招商引资工作及完成局领导交办的其他工作。

（二）污染防治科

职责：承担环境污染防治的监督管理和环境监测机构的监管督察。负责对大气、水体、噪声、固体废物、放辐射、土壤和光、恶臭、机动车等的污染防治的监督管理；指导相关的重点污染企业，制定污染防治规划，推行清洁生产，推广先进技术；负责企业的限期治理工作；负责局纪检、平安、法制与综治工作，组织开展环境保护政策研究，组织实施环境保护行政执法责任制，组织审定局行政执法案件；组织开展环境质量监测、污染源普查更新、监督性监测和突发性环境污染应急监测，组织对环境质量状况进行调查评估和预测预警；建立环境质量发布制度，组织编报环境质量报告书；统一发布环境状况公报、环境综合性报告和重大环境信息；负责环境应急工作，拟订应急预案并组织演练；完成局领导交办的其他工作。

（三）总量减排科

职责：承担污染物总量减排工作，负责拟订污染物排放总量控制计划，并监督实施;负责环境统计工作;负责排污许可证制度发放与管理；负责环境标准管理工作；完成局领导交办的其他工作。

（四）建设项目环境管理科

职责：贯彻国家和地方有关建设项目环境管理的法律、法规和规章，并依法监督检查；承担环境影响评价制度、“三同时”制度、竣工验收制度的实施。组织开展建设项目施工期间的环境监理工作；负责将清洁生产要求纳入建设项目环境影响评价和“三同时”管理制度，监督新建、扩建、改建和技术改造项目采用清洁生产工艺；负责环境规划工作；负责项目办工作，完成局领导交办的其他工作。

（五）农村环境保护科

职责：指导、监督农村面源环境污染治理工作；对饮用水水源地保护实施统一监督管理；制定饮用水水源保护区应急预案，负责水污染事故的预防和应急处理工作；监督管理畜禽、水产养殖污染防治工作；承担农村村庄生态环境综合整治工作；监督农村土壤污染修复和有机食品发展工作；协调指导农村自然生态保护工作；负责帮乡扶贫、小城镇环境保护和完善农村环境监测体系工作，完成局领导交办的其他工作。

（六）群众工作科（宣传教育科、四城一奖创建办）

职责：牵头“四城一奖创建”相关工作，对创建目标任务进行分解、加强网格单位管理、制定创建考核细则、开展日常督促检查、草拟汇报材料及资料收集整理等相关创建工作。负责组织实施环境保护宣传教育、宣传文化、绿色学校和绿色社区创建、爱国卫生、精神文明、网络舆情监控、开展网评、发布微博、维护环保局网站和机房管理等工作，完成局领导交办的其他工作。