文山壮族苗族自治州人民检察院成立于1955年7月16日，前身为云南省人民检察院文山分院，

1955年8月，文山分院所辖八县检察院先后成立。

1958年4月1日，伴随着文山壮族苗族自治州成立，文山分院也更名为文山壮族苗族自治州人民检察院。

“文化大革命”期间，检察机关被撤销。

1978年10月25日，文山壮族苗族自治州人民检察院恢复建立，下辖文山市（时称文山县）、砚山、西畴、马关、麻栗坡、丘北（时称邱北县）、广南、富宁八个县（市）检察院，有麻栗坡、马关、富宁三个边境检察院。