根据上述职责，州审计局设8个职能科（室）。

(一)办公室 负责草拟、修改全局性重要文稿；负责文书处理、机要工作、印章管理、立卷归档、来信来访；负责全州性审计会议、局务会议、办公会议会务工作；管理机关行政、财务、安全和其他行政后勤工作；负责人事教育、劳动工资和老干部管理工作。

(二)综合法规科 负责拟定全州审计发展规划、年度项目计划，汇编全州审计统计报表，组织检查考核县级审计业务工作；指导全州审计综合工作；协调各业务科的审计事项，组织审计执法检查；负责全州审计复议、复审、行政诉讼工作；负责财经、审计法规的收集、汇编、调研、咨询；复核本局审计报告、审计意见书、审计建议书和审计决定书，审核审计调查、综合、专题性报告；负责审计法规宣传工作；反映审计情况，编辑审计信息；负责指导全州内审工作，监督社会审计组织的业务质量；负责组织、指导全州综合法规工作。

(三)财政金融审计科 负责州级本级财政审计，对全州八县财政决算以及财税管理情况进行审计。负责对地方金融、保险机构、各类金融性公司的财务收支、信贷计划的执行及其结果进行审计监督；对证券发行、经营和交易所等机构的财务收支及经营的合规性进行审计监督；负责组织、指导全州财金审计工作。

(四)企业审计科 负责对州属国有企业、国家控股企业的资产、负债、损益及其效益情况审计，监督国有资产的保值增值并组织进行某些行业性审计、专项资金审计和专题性审计调查；负责组织指导全州企业审计工作。

(五)行政事业审计科 负责审计州级行政事业单位预算内、外资金的收支及其管理情况；负责组织对全州借用国外资金和使用国外援赠资金的审计监督；组织对上述某些专项资金进行专项审计和专题审计调查；负责组织、指导全州行政事业审计工作。

(六)农业资金审计科 负责审计州属农业、畜牧业、水利水电，农垦部门预算内、外资金的收支及其管理使用效益；负责监督上述部门管理的资金在各县的活动情况，负责对全州财源建设资金的管理使用和效益情况进行审计监督，组织对上述资金的某些专项审计和专题审计调查；负责组织、指导全州农业资金审计工作。

(七)经济责任审计科 负责指导全州领导干部任期经济责任审计工作；负责组织对州属各部门、国有企业、国家控股企业的主要领导、直接管理财务工作的副职领导，八县县委书记、县长，公安局局长、检察院检察长、法院院长，财政局长、审计局长的任期经济责任进行审计监督；负责组织指导全州经济责任审计工作。

(八)固定资产投资审计科 负责对国家投资或融资为主的固定资产投资建设项目和技改项目的资金来源、预算执行和工程决算进行审计监督；负责组织、指导全州固定资产投资审计工作。