1999·12，北京三元食品有限公司被授予“中国食品工业优秀企业”称号

1999-2001，三元品牌连续三年被评为北京市著名商标

2000·3，通过iso9001国际质量体系认证

2001·5，北京三元食品股份有限公司被指定为“学生饮用奶定点生产企业”

2001·10，北京三元食品股份有限公司“乳品加工技术研究与新品开发”在国家十五科技攻关项目招标中中标

2001·8，三元牛奶被指定为第21届大学生运动会专供牛奶

2001·12，北京三元食品股份有限公司被中国食品工业协会评为中国农业产业化经营20大龙头食品企业之一

2002·4，北京三元食品股份有限公司被授予企业文化先进单位称号

2002·5，北京三元食品股份有限公司被评为外商投资先进技术企业

2002·6，北京三元食品股份有限公司被评为农行aaa级信用企业

2002·9，北京三元食品股份有限公司生产的液体奶被国家质量监督检验检疫总局评为中国名牌产品

2019·11，北京三元食品股份有限公司被北京老字号协会授予“北京老字号”称号。

2019年12月16日，入选“农业产业化国家重点龙头企业名单”。

2020年1月7日，入选2019年全国农产品加工业100强企业名单，综合排名第41。

2020年1月11日，“2019中国企业社会责任500优榜单”发布，北京三元食品股份有限公司位列第144位。

2020年9月，被中共北京市委、北京市人民政府评为：北京市抗击新冠肺炎疫情先进集体。

2020年12月，列入农业农村部第九次监测合格农业产业化国家重点龙头企业。

2021年8月31日，通过2021年国家技术创新示范企业复核评价。

2022年2月11日，入选2022年北京市科普基地拟命名名单。

该企业技术中心具有国家企业技术中心资格。

2022年，入选艾媒金榜（iimedia ranking）发布的《 2022年上半年中国乳业企业排行榜top15》，排名第3。

2022年8月，以44·12亿元入选《2022中国品牌500强》，位列478位。

2022年12月，获得“全国科普教育基地”称号。

2024年5月11日，北京三元食品股份有限公司获授“中华老字号”牌匾。

2025年4月3日，北京三元食品股份有限公司旗下的“三元”品牌入选首批中国消费名品名单。