1994年3月，北辰区启智学校开始创办，学校设在京津公路北仓小学院内，刚刚成立时，学校只有一间教室，一名老师，几个学生。虽然当时条件简陋，但教师们，尽己所能，开齐课程，发展学生特长，组织开展丰富多彩的活动，给孩子们留下了美好的回忆。

2004年，由于北仓村旧村改造，北仓小学与延吉道小学合并，启智学校随北仓小学搬至新校址。这时的启智学校已经发展到四个教学班11名教师，30多名学生。全校教师在王瑛校长的带领下，始终秉持 “提供优质教育，成就幸福人生”的办学理念，共享集体攀登的喜悦，共建特色优质学校。

2010年，在北辰学前、小学、初中、高中、成人教育不断喜报频传的时候，区委、区政府、区残联、区教育局决定把特殊教育做为今后工作重点，并决定将原集贤里小学进行改扩建，改建为北辰区特殊教育学校。