根据上述职责，市人民政府办公室设16个内设机构：

应急管理办公室

协助市政府领导处置重大突发公共事件，负责组织、指导、协调全市突发公共事件的预防预警、应急处置、应急保障、应急援助等应对工作。协调处理各类群体性上访事件。

总值班室

负责统筹安排市政府和市政府办公室值班工作，及时向市政府领导同志报告重要情况，督促各地各部门严格执行和落实值班制度。

政府督查室

负责上级重要政策及重要工作部署落实的督查，反馈落实情况；负责市政府全体（扩大）会议和市政府常务会议、市长办公会议决定事项的分解和督查工作；承办市委、市政府主要领导同志批办件、交办件的登记、分办、转办、督查并报告结果；负责全省和本级人大、政协交市政府的建议、提案的登记、分办、转办和督查工作；负责全市政府系统督查的业务指导工作及办公室督查的宏观管理工作。