筹建时期

创办上海科技大学的战略构想始于2003年。2004年6月23日，为了更好地服务国家发展战略，本着“科教融合”思路，上海市人民政府与中国科学院开始筹划在浦东共建一所研究型大学。

2005年8月19日，中科院上海分院提出将中科院上海浦东科技园（虚拟）实体化，建设科技创新基地和人才培养基地。

2006年4月14日，上海市同意与中科院上海分院共建中科院上海浦东科技园（包括一所综合性科研机构和一所大学）。同年，上海市划拨1500亩土地用于科技园建设。

2008年9月26日，中国科学院与上海市人民政府签订《进一步深化院市合作协议书》，决定合作建设中科院上海浦东科技园暨中科院上海高等研究院，充分利用双方的资源和优势，共同建设一所高水平的研究型大学。12月，中科院上海浦东科技园开工建设，一期工程包括中科院上海高等研究院新技术基地和交叉前沿科学基地、中科院上海药物所新药研发平台和国家蛋白质科学研究（上海）设施等4个项目。

2010年12月26日，中国科学院上海高等研究院（筹）正式入驻中国科学院上海浦东科技园。

2011年5月23日，上海市、中国科学院决定共同成立上海科技大学筹建领导小组和工作小组。同年，教育部收悉《上海市人民政府、中国科学院关于申请建立上海高等研究大学的函》（沪府函〔2011〕120号）。

2012年1月16日，市教委会发布《2012年上海市教育委员会工作要点》，其中包括“全力推进浦东科技大学（暂定名）的筹建工作”。此后，教育部收悉《上海市教育委员会关于变更筹建中的上海高等研究大学（筹）校名的函》（沪教委发〔2012〕38号）。2月23日，上海科技大学筹建领导小组确定选用美国mry事务所的校园规划方案。4月28日，教育部批准筹建上海科技大学，通知中明确“上海科技大学由上海市和中国科学院共同领导，由上海市负责管理，学校发展所需经费由上海市统筹安排解决”。10月12日，上海科技大学免疫化学研究所揭牌成立。10月29日，上海科技大学与加州大学伯克利分校签署合作备忘录，双方协定在今后五年开展教育、文化与科研合作。11月20日，上海科技大学ihuman研究所揭牌成立。12月9日至13日，上海科技大学举办2012年国际前沿信息科学技术研讨会。12月28日，上海科技大学教授聘任大会举行。12月28日，上海科技大学（筹）校园建设正式启动，上海科技大学筹建工作进入了实质性阶段。

成立以后

2013年9月30日，教育部批复同意正式建立上海科技大学。12月，上海科技大学ihuman研究所举办第一届上海gpcr论坛。2013-2016年，上海科技大学依托中国科学院大学联合招收和培养硕博连读和硕士研究生。

2014年1月，教育部批准上海科技大学2014年本科招生方案。2月，上海科技大学首任校长江绵恒、党委书记朱志远正式任命。6月18日，上海科技大学与芝加哥大学签署合作备忘录，双方协定将在科研、学术、文化教育等方面开展全面合作。9月30日，上海科技大学举行首届本科生暨2014级研究生开学典礼。11月，安进亚洲研发中心落户上海科技大学。

2015年4月，上海科技大学宣布与美国南加州大学电影学院启动全面合作。9月23日，校长江绵恒一行访问麻省理工学院并签署学生培养合作协议。

2016年4月，国务院发布《上海系统推进全面创新改革试验加快建设具有全球影响力的科技创新中心方案》，明确指出上海科技大学要发挥体制机制优势，参与上海张江综合性国家科学中心建设。学校与中科院上海应用物理研究所、上海光学精密机械研究所等单位合作，牵头或参与建设软x射线自由电子激光用户装置、活细胞结构与功能成像等线站、超强超短激光实验装置、光源二期等重大科技基础设施，上述项目于2016年11月开工。同年4月11日，上海科技大学与复旦大学签署合作框架协议。

2017年5月，学校通过了上海市学位委员会的本科专业授权评审，获得了物理学、化学、生物科学、材料科学与工程、电子信息工程、计算机科学与技术6个本科专业的学士学位授权。7月，入选国家第二批“大众创业万众创新”示范基地。12月15日，上海科技大学作为项目法人单位，总投资近百亿元的国家重大科技基础设施项目——“硬x射线自由电子激光装置”获批启动。同年，经教育部同意，学校结合上海科创中心和上海市国家级教育综合改革试验区建设，自2017年起开展“高水平研究生教育综合改革试点项目”，在7个一级学科（生物学、材料科学与工程、计算机科学与技术、物理学、化学、电子科学与技术、信息与通信工程），以硕博连读方式独立招收研究生。

2018年2月1日，学校与上海交通大学签署合作框架协议。4月，学校与ibm签署新工科建设与创新创业人才培养教育合作协议。6月16日，上海科技大学2018届毕业典礼暨学位授予仪式举行，首届199名本科毕业生、150名2018届联培硕士研究生、首届41名联培博士研究生毕业；同月，首批入选上海高等学校一流本科建设引领计划。同年，国务院学位委员会批准上海科技大学成为博士学位授权单位并获批“材料科学与工程”一级学科博士学位授权点。

2019年4月30日，首批入选上海高等学校一流研究生教育引领计划。5月，上海科技大学、美国费城交响乐团和上海爱乐乐团签署三方合作协议。2019年至2021年间，物理学、计算机科学与技术、生物科学、材料科学与工程、电子信息工程专业相继入选“上海市一流本科专业建设点”。

2020年7月，计算机科学与技术、电子信息工程专业同时入选“上海市级新工科研究与改革实践项目”。

2021年4月29日，由上海市人民政府批准设立的研究型医院“上海临床研究中心”在上海科技大学揭牌成立。7月31日，上海科技大学与荷兰皇家壳牌公司签订战略合作协议。10月，由中科院上海高等研究院、中科院上海应用物理研究所共建的“上海科技大学2060研究院”成立。同年，计算机科学与技术入选国家级一流本科专业建设点。

2022年2月14日，上海科技大学入选全国第二轮“双一流”建设高校名单，是上海唯一新增的一所“双一流”高校，“材料科学与工程”学科列入一流学科建设名单。

2023年9月28日，上海科技大学召开建校十周年科教融合创新发展大会。11月，上海科技大学与华人运通控股(上海)有限公司（高合汽车）签署战略合作协议。同年，学校新增获批“智能感知与人机协同”教育部重点实验室，作为依托单位之一获批新建“先进医用材料与医疗器械”全国重点实验室。

2024年5月，上海科技大学与上海市精神卫生中心签署合作协议。7月，上海科技大学与上海联和投资有限公司、徐汇区博士后创新实践基地三方合作签约仪式和签约授牌仪式举行。