数学科学学院现设有研究所2个（数学科学研究所、复杂系统研究所），拥有数学和统计学2个博士后流动站，2012年新增科学工程计算教育部重点实验室，2014年新增“多物理过程数学建模、分析与计算”上海市教委重点实验室，2015年积极筹建国家基金委资助的交叉学科研究平台 “致远数学科学中心”。

近5年来在国内外重要学术期刊上发表sci 论文753篇，其中发表在journal of american mathematical society、siam review、proceedings of the national academy of sciences of the usa、advances in mathematics、annals of statistics 等杂志上的成果，具有非常大的影响力和潜在应用价值。获得多项学术荣誉，包括2 项上海市自然科学奖一等奖、1 项上海市自然科二等奖、1 项安徽省自然科学二等奖、中国运筹学会“青年科技奖”一等奖、研究成果入选“2011 年全国百篇最有影响国际论文”等。各类科研项目资助率逐年上升，仅国家自然科学基金近5年已获得资助项目已达110项，累计合同金额3955·6万。

上海交大数学科学学院/自然科学院是美国nsf研究网络的节点之一（目前，该网络的国际节点仅有3个：剑桥大学，巴黎六大和上海交大）。与国际一流研究机构（法国巴黎六大j·l· lions实验室，英国牛津大学数学研究所）签署科研合作备忘录，进一步深化开拓合作共建实验室/研究中心相关事宜。我系与美国数学研究所共同主办的国际性数学杂志communications on pure and applied analysis，自2009年起成为sci收录期刊，2012年度以学校排名第一入选教育部精品期刊。