1896 年，交通大学的前身南洋公学创立，从1898 年4 月招收第一届师范生起，开设了数学课。

上海交通大学数学系成立于1928 年， 对中国近代数学的发展做出过重要贡献，中国数学会成立大会与第一次会议于1935 年在上海交通大学召开。

1952 年院系调整，数学系大部分师生被调整到复旦大学和华东师范大学。

1978 年9 月，重新组建应用数学系；

2001 年冬恢复为数学系。

2014 年入选首批高校国际化示范学院推进计划，也是至今唯一入选的数学院系。

2015 年12 月，成立数学科学学院，下设三个系（数学系、应用与计算数学系、统计系）、一个教学研究中心（数学教学研究中心），拥有五个科学研究机构（“科学工程计算”教育部重点实验室，“多物理过程数学建模、分析与计算”上海市教委重点实验室，致远数学科学中心，数学科学研究所，复杂系统研究所）、两个博士后流动站（数学和统计学博士后流动站）、一个编辑部（sci 期刊《communications on pure and applied analysis》编辑部）。

百年来交大数学科学学院桃李芬芳，知名院友中有获得国家最高科技奖的吴文俊院士、胡和生院士及龚升等著名数学家，国际数理统计学会会士、世界统计学“考普斯”奖获得者蔡天文，美国数学会首届会士、斯隆奖获得者陆志勤，中国工程院院士凌文，以及红杉资本中国基金创始人沈南鹏等杰出企业家。