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截至2024年9月，学校有纸质图书167万余册，电子图书近112万册，数据库106个，馆藏资源突出学校的海洋、水产、食品特色。

学术期刊

2016年主办中国大陆地区第一本水产类英文期刊aquaculture and fisheries，被scopus及美国生命科学文摘索引数据库（bp）和生物学文摘（ba）、中国科学引文数据库（cscd）核心库收录。主办的《水产学报》《上海海洋大学学报》为中文核心期刊、中国科技核心期刊和中国科学引文数据库（cscd）核心期刊，其中，《水产学报》获“全国百强报刊”“中国精品期刊”“百种中国杰出学术期刊”等称号。

《水产学报》是由中国科协主管，中国水产学会主办、上海海洋大学承办的以反映中国水产科学技术成果为主的学术类核心期刊（中国科学引文数据库cscd核心库和中国科学技术信息研究所核心库）。《水产学报》已加入了中文期刊全文数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国生物学文献数据库、清华大学（光盘版）电子刊物数据库、万方数据网络中心 。《水产学报》作为文献源被美国《化学文摘》（ca，chemical abstracts）、俄罗斯《文摘杂志》（aj，viniti）、英国《农业与生物科学研究中心文摘》（cab abstracts）、英国《全球健康》（global health）、美国《剑桥科学文摘》csa（ns）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（jst）、英国《动物学记录》（zr，zoological record）、美国《乌利希期刊指南》（upd，ulrich's periodicals directory）《水科学和渔业文摘》（asfa）、《中国科学引文索引》《中国学术期刊文摘（中、英文版）》《中国生物学文摘》《中国水产文摘》等众多国内外检索期刊收录。《水产学报》 为2002-2009年，2011年“百种中国杰出学术期刊”；2008年及2011年科技部“中国精品期刊”；2009年，2012年“华东地区优秀期刊”；2006年-2008年获中国科协“精品期刊工程项目（c类）”资助；2009-2011年获中国科协“精品期刊工程项目（b类）”资助；2012-2013年获中国科协“期刊学术质量提升项目”资助。2012年被评为“中国国际影响力优秀学术期刊”和rccse“中国权威学术期刊”。

《渔业学报（英文）》于2017年正式出版，目前已被biosis previews，biological abstracts，cab international，directory of open access journals（doaj），ebscohost，proquest，scopus多个国际数据库收录，此外，还被cscd收录，是学校“双一流”建设成果的体现。