江苏省立水产学校

1904年，教育家张謇为了维护海权，向清朝朝廷提议创办水产学校。同年4月，清朝朝廷批准张謇的商部附奏《条陈渔业公司办法》，并设立江浙渔业公司，拨吴淞江浙渔业公司隙地与空闲官房作为学校校舍，设立水产学校及商船学校各一所。

1912年，张镠奉第六百九十号训令任水产学校筹办员。同年12月，苏省都督程德全委任张镠为校长，并举行第一届预科生入学考试。

1913年，学校地址确定为常熟路原复旦公学校址。3月，部分校舍落成，并将原预科班分为渔捞和制造两科。1914年，定“勤朴忠实”为校训。同年8月起，改为秋季招生。

1916年， 开工建造“淞航号”实习渔船。1917年，毕业学生乘新建成的第一艘实习船“淞航号”，分赴江苏、浙江、山东等省调查渔业。

多次更名时期

1927年，学校更名为国立第四中山大学农学院水产学校。1928年2月，学校更名为江苏大学农学院水产学校。同年5月，学校更名为国立中央大学农学院水产学校，设渔捞科、制造科及航海、远洋渔业2个专科。1929年，学校恢复校名为江苏省立水产学校，航海专科与远洋渔业专科合并为渔航专科。1930年， 学校划归江苏省教育厅管辖，撤销渔航专科。

1937年，因八一三淞沪抗战，校舍毁于战火，部分师生辗转四川合川艰难维续水产教育。1939年春，国民政府教育部先于国立第二中学成立水产部，设水产普通科；后于1943年秋将国立第二中学水产部改组为国立四川水产职业学校，增设制造科、养殖科。1945年春，学校增设渔捞科。

1947年6月，经上海市政府批准，学校在上海复校，定名为上海市立吴淞水产专科学校，属大专建制，侯朝海任校长。吴淞水产专科学校设置渔捞科、制造科、养殖科和航海科，于1948年2月正式招生。1949年6月，上海市军事管制委员会接管学校。解放后，经华东水产管理局批准，江苏省立水产职业学校（闵行）于1949年11月并入吴淞水产专科学校。

1951年3月，中央教育部批复，上海市立吴淞水产专科学校更名为上海水产专科学校。11月，国立高级水产职业学校并入。

1952年8月，经华东教育部报中央教育部批准，学校升格更名为上海水产学院，成为中国第一所本科建制的高等水产学府。定11月1日为校庆日。舒同为上海水产学院题写校名。12月，河北省水产专科学校（部分）并入。上海水产学院成立后，学校先后从圣约翰大学、东吴大学、大同大学、厦门大学、武汉大学和有关单位调入一批知名教授。

1958年9月，支援筹建连云港水产学校（2000年并入淮海工学院）和舟山水产学院（现浙江海洋大学）。10月，学校与中国科学院合作筹建中国科学院上海水产研究所（现中国水产科学研究院东海水产研究所）。

1962年11月1日，召开建校50周年庆祝大会。

1972年，受“文化大革命”影响，学校搬迁到厦门集美办学，更名为厦门水产学院，厦门大学水产相关系调入。

1978年，全国恢复高校统考招生后的第一届新生355人入学，分别就读海洋捕捞、淡水渔业、海水养殖、水产品加工工艺、制冷工艺、渔业机械、渔业电子仪器、渔船动力机械8个本科专业。

1981年，学校开始筹备水产养殖、水产品贮藏与加工、海洋捕捞3个学科专业硕士研究生教育工作。1982年受农业部委托，召开首次水产学科研究生教育研讨会，讨论研究生招生工作。

1983年，学校开始研究生教育。1983年、1984年，学校先后获水产养殖专业硕士生招生权和硕士学位授予权。

1985年11月，经农牧渔业部批复同意，学校更名为上海水产大学。

1992年，列为农业部重点大学。

1994年，学校成立研究生部。

1994年-1997年，先后与中国科学院海洋研究所、青岛海洋大学（现中国海洋大学）、南京农业大学联合培养博士研究生。

1997年，学校与中国水产科学研究院成立联合培养研究生部。

1998年，学校被批准为博士学位授权单位，并首次取得水产养殖专业博士学位授予权。

2000年，学校由农业部划转地方，由中央与地方共建，以上海市管理为主。

2003年9月，成为一所万人规模高校。

上海海洋大学时期

2008年3月19日，为适应国家海洋事业发展需要，教育部批准学校更名为上海海洋大学。江泽民同志为学校题写校名。5月6日，上海海洋大学揭牌仪式在军工路校区举行。同年，主体搬迁至临港新城沪城环路999号。

2010年，上海市人民政府与国家海洋局签署协议共建上海海洋大学。同年，入选国家”特色重点学科项目“建设高校。

2011年，获得2009－2010年度上海市文明单位称号。

2012年，江泽民同志为学校百年校庆题词“发扬优良传统，不断开拓创新，把上海海洋大学建设成为一流的高水平特色大学。”2014年，入选全国毕业生就业典型经验高校。

2015年6月，上海海洋大学与国家海洋局海洋减灾中心签署战略合作框架协议。

2017年8月，被认定为上海市首批深化创新创业教育改革示范高校。9月，入围国家首批“双一流”建设高校名单；同月，上海海洋大学与国家海洋局第三海洋研究所签署战略合作框架协议。同年，学校跻身上海市地方高水平大学试点建设行列，获上海市课程思政教育教学改革“整体试点校”。

2018年2月，上海海洋大学与农业部长江流域渔政监督管理办公室共同签署了《长江水域生态保护战略研究合作协议》，双方协议设立长江水域生态保护战略研究中心。9月，上海海洋大学与上海国际港务（集团）股份有限公司签署战略合作协议。10月，上海海洋大学与西湖大学签署战略合作协议。同年，入选上海高水平特色大学建设计划。

2019年4月，首批入选上海高等学校一流研究生教育引领计划。2020年7月，共青团上海市委与上海海洋大学共同成立“上海市青年志愿服务研究中心”；9月29日，成为全国高校海洋类学术期刊联盟理事单位。9月30日，加入首届“中国新农科水产联盟”，并任副理事长单位。

2021年5月15日，成为高等农林院校课程思政联盟理事会员单位。

2022年，上海海洋大学将迎来110周年校庆。2月，入选第二轮“双一流”高校名单。8月，加入全球中文学习联盟。2023年11月27日，上海海洋大学罗非鱼遗传育种团队赴赞比亚大学举办第二期非洲“罗非鱼养殖技术”国际培训班，两校开展广泛、务实性合作。

2024年1月27日，上海海洋大学海洋生物资源与管理学院、海洋科学与生态环境学院、美育中心正式揭牌。2024年3月21日，上海海洋大学主办第七届华东地区水产动物营养与饲料科技论坛。