5·2016年度部门决算资料，中心内设机构包括：总师室、校舍管理部、工程管理部、体育中心管理部和综合管理部。

总师室：负责技术标准制定与审核

校舍管理部：承担基础教育校舍建设管理

工程管理部：负责教育基本建设项目的协调推进

体育中心管理部：专项管理体育场馆设施

综合管理部：处理行政事务及后勤保障