长清校区

山东中医药大学长清校区位于山东省济南市长清区大学科技园大学路4655号，邮编250355。设有中医学院（基础类学科）、药学院、护理学院、马克思主义学院、智能与信息工程学院、康复医学院、健康学院、中医文献与文化研究院、中医药创新研究院、青岛中医药科学。

千佛山校区

山东中医药大学千佛山校区位于山东省济南市经十路16369号，设有针灸推拿学院、第一临床医学院、第二临床医学院、眼科与视光医学院的全体硕士研究生和中医学院2017级“5+3”硕士研究生。

国际医学中心校区

青岛中医药科学院

山东中医药大学青岛中医药科学院位于青岛高新区河东路368号青岛蓝色生物医药产业园3号楼，邮编266112。该院成立于2016年，院涵盖了中医药产教融合科创基地、中医药传承创新中心以及中医药康养基地等内容。还设有国家中医药对外合作交流示范基地，即中医外治国际合作基地，以及外治新材料研究中心、抗病毒协同创新中心、经方研究工程中心、脉学研究中心、海洋中药研究中心和医学人工智能研究中心等六个科研中心，还设有经典药酒研究所。