学校前身

1958年1958年，山东中医学院建立。1955年山东省政府创建的山东省中医研究班和1956年在长清灵岩寺建立的山东省中医进修学校，为学校的创建准备了师资条件。1970年，山东中医学院与山东医学院合并为山东医学院，搬迁到山东省新泰县楼德镇。1975年，经国务院批准恢复建制后，学校在济南经十路校区开始正常办学。改革开放以后，学校建设发展取得了长足进步。1978年被确定为全国重点建设的中医院校。1981年成为山东省重点高校，1986年获得博士学位授予点。

更名办学

1996年，经原国家教委批准，学校更名为山东中医药大学。2007年，学校由济南市历下区主体迁至长清大学科技园。2012 年，被确定为山东省首批重点建设的“应用基础型人才培养特色名校”。2019年7月，山东中医药大学青岛中医药科学院揭牌；同年11月，入选山东省一流学科建设高校。

2019年8月，山东中医药大学被教育部评为全国创新创业典型经验高校。11月，山东省人民政府和国家中医药管理局举行共建山东中医药大学协议签约仪式。2022年8月，发起成立山东省中医药文化传播学会。2023年10月，牵头成立全国医养结合行业产教融合共同体。

2024年1月12日，山东中医药大学中药监管科学研究中心成立。10月12日，山东中医药大学循证医学研究中心揭牌。

2025年4月16日，烟台中亚至宝药业与山东中医药大学签署战略合作协议 。6月6日，山东中医药大学与山东广播电视台签署战略合作协议。