1956年，四川大学农学院独立迁至雅安建立四川农学院，从四川大学数、理、化、生等基础学科抽调部分骨干教师，并接收了一批全国重点大学优秀毕业生，组建数学、物理、无机及分析化学、有机与生物化学、植物学、动物学等教研室。

1960年，成立了原子能农业应用研究室（101研究室）；这些教研室最初分别隶属于四川农学院农化系、农学系和牧医系。

1983年底，上述教研室从各系分离出来成立四川农学院基础部。

1985年，四川农学院更名为四川农业大学。

2003年初，在原基础部的理学学科基础上组建了四川农业大学生命科学与理学院。

2014年3月5日，由原生命科学与理学院拆分建立四川农业大学理学院。