市市场监督管理局设6个正科级直属行政机构，专项行政编制39名，科级领导职数18名，其中正科长级6名、副科长级12名。

（一）登记注册分局（挂非公党建工作办公室、小微企业发展服务办公室牌子）。组织实施市场主体登记注册和营业执照核发的制度措施。承担规定范围市场主体名称的审核和股权出质登记工作。承担市场监管职能范围内行政审批事项的受理与授权范围内的审批工作。负责本系统各类市场主体登记注册统计工作。配合组织部门组织开展小微企业、个体工商户、专业市场党建工作。承担市委两新工委交办的非公党建工作。拟定支持小微企业成长政策并组织实施。

（二）网络交易监督管理分局。组织实施网络商品交易及有关服务监督管理的制度措施。组织指导协调网络市场行政执法工作。组织指导网络交易平台和网络经营主体规范管理工作，会同有关部门开展电子商务信用体系建设。组织实施网络市场监测工作。指导电子取证工作。协助组织查处网络交易平台重大违法行为。负责市场监督管理系统信息化建设及大数据分析、信息咨询管理工作。

（三）消费者权益保护分局（挂投诉举报处置中心牌子）。组织开展放心消费环境建设。组织开展有关服务和产品的消费维权工作。组织指导市场监管领域投诉举报受理工作。协助组织查处重大违法行为。承担市消费者权益保护联席会议办公室日常工作。

（四）价格监督检查与反不正当竞争分局。组织实施有关价格收费监督检查、反不正当竞争的制度措施和规则指南。组织实施商品价格、服务价格以及国家机关、事业性收费的监督检查工作。协助组织查处价格收费违法违规行为和不正当竞争行为。承担监督管理直销活动和打击传销工作。承担并指导公平竞争审查工作，承担市公平竞争审查工作联席会议办公室日常工作。承接委托的反垄断相关工作。承担指导衢州企业在国外的反垄断应诉工作。

（五）知识产权与专利商标监督管理分局。组织实施知识产权战略、规划、政策。组织实施知识产权创造及质量提升工作。组织指导知识产权代理行业监管。组织推进知识产权服务业发展和人才队伍建设，开展知识产权信息分析和风险预警工作。组织实施商标监督管理的制度措施。依法保护商标专用权。承担原产地地理标志、特殊标志、官方标志的使用管理和保护工作。指导商标专用权运用工作。组织实施专利监督管理的制度措施。依法保护专利权。指导和规范专利运用。组织调处商标、专利纠纷，协助组织查处相关违法行为。

（六）药品认证检查中心（挂浙江省药品认证检查中心衢州分中心牌子）。承担省药品监管局和市市场监管局组织的药品、医疗器械、化妆品法规符合性检查。负责对全市药品、医疗器械、化妆品认证检查工作的业务指导。