1991年，宝清县人民政府将其定为县级自然保护区，命名为七星河芦苇自然保护区。

1996年，双鸭山市人民政府将其由县级晋升为市级做了批复，并由县委县政府组建了“七星河芦苇自然保护区管理委员会”。编写《七星河自然保护区综合考察报告》。

1998年，经黑龙江省人民政府批准，晋升为省级自然保护区，命名为黑龙江七星河湿地自然保护区。

2000年4月，经国务院批准晋升为国家级自然保护区命名为黑龙江宝清七星河国家级自然保护区。

2011年，被列为国际重要湿地。

2023年11月30日，国家林业和草原局公布《陆生野生动物重要栖息地名录（第一批）》，“黑龙江宝清七星河候鸟重要栖息地”入选。