东晋时，已有葛洪弟子罗秀在撷青崖上的“丹岩”洞中炼丹，至唐代以后，青秀山上逐渐建有庙宇和寺院。

明嘉靖三十一年（1552年），南宁郡守方瑜，左江兵备徐浦为被贬来邕的刑部主事监察御史董传策建筑“白云精舍”及“洞虚亭”“董泉亭”两个亭子。

明嘉靖四十年（1561年），王阳明先生的门生左江兵备佥事欧阳瑜在半山腰撷青岩上刻上“阳明先生过化之地”。

1952年至1960年，青秀山并入南宁农场，青秀山是该场第一生产队。后改为南宁市园艺生产试验场。

1960年，青秀山第一生产队移交广西壮族自治区外事处管理。

1965年3月，广西壮族自治区外事处把青秀山移交给广西壮族自治区党委管理，改名叫“区直机关林场”。

1970年，广西壮族自治区革委会将青秀山下放给南宁市革委会，下放后改名叫“南宁市青秀山林场”。

1986年，南宁市人民政府拨款开始重建南宁市青秀山风景名胜旅游区。

1987年10月，南宁市青秀山风景名胜旅游区正式开放。

2012年11月30日，南宁市青秀山风景名胜旅游区西区停车场动工建设；同年12月22日，景区主干道开始维修。

2013年3月18日，景区主干道完成维修；同年7月1日，西区停车场竣工。

2014年2月17日，南宁市青秀山风景名胜旅游区东区停车场开工建设。

2015年4月1日，南宁市青秀山风景名胜旅游区西侧门开工建设；同年2015年5月15日，西侧门竣工。