学校前身

齐齐哈尔轻工学院

齐齐哈尔大学始建于1952年，其前身之一为齐齐哈尔轻工学院。1952年10月，齐齐哈尔轻工学院的前身黑龙江省工科高级职业学校在北安市创建。

1952年11月，学校从北安市迁到齐齐哈尔市，更名为黑龙江省齐齐哈尔工业学校。此后，学校历经东北地方工业局、黑龙江省工业厅、中央地方工业部、中央第三机械部、中央电机部等部门领导，先后更名为黑龙江省齐齐哈尔化学工业学校、齐齐哈尔化学工业学校、轻工业部齐齐哈尔化学工业学校等。

1959年6月，哈尔滨化工学院、哈尔滨药学院、齐齐哈尔化工专科学校以及哈尔滨工业大学与地方合办的化工系等四所化工院、校、系合并，在齐齐哈尔化工学校的基础上，创办一所化工类高校。同年8月，根据国家教育部有关规定，学校定名为齐齐哈尔化工学院，隶属于黑龙江省化工轻工业厅。

不久后，中国高校进一步调整精简，1963年上半年，齐齐哈尔化工学院停办，大学停办，中专仍继续办学。1963年上半年至1965年，齐齐哈尔化工学院、齐齐哈尔化学工业学校两个校名同时存在。在此期间，学校先后隶属于中央轻工业部、第一轻工业部，校名先后改为轻工业部齐齐哈尔化学工业学校、第一轻工业部齐齐哈尔轻工业学校。

1969年12月，学校下放给黑龙江省领导，更名为齐齐哈尔轻工业学校。1970年1月，学校再次下放至齐齐哈尔市领导。此后，学校在层层下放的过程中，学校的各个专业分散到各工厂办学。1972年7月28日，学校收归省轻化工业局领导，更名为齐齐哈尔轻化工业学校。

“文革”结束后，1983年11月15日，黑龙江省委规定学校发展路线为加强轻工专业，办成轻、化、纺综合性轻工学院。1984年初，齐齐哈尔轻工学院转变为隶属黑龙江省轻工、二轻、石化、纺织四个厅办学。此后，黑龙江省政府为加强对省属高校的统一领导，1986年1月1日，齐齐哈尔轻工学院划归省教委领导。

齐齐哈尔师范学院

齐齐哈尔大学另一组成部分是齐齐哈尔师范学院，学院的前身是齐齐哈尔师范专科学校，学校始建于1958年9月18日，隶属齐齐哈尔市领导。1959年2月，学校与齐齐哈尔师范学校合署办公。此后六年，学校由黑龙江省教育厅领导，齐齐哈尔大学（1958·5—1962·5）中文、黑河师范专科学校数学专业、牡丹江师范专科学校相继并入学校。

1965年春开始，学校开展半农半读试点。文革期间，学校处于停顿状态，并一度改名为卫东大学。1970年12月21日，学校改建为齐齐哈尔师范学院属本科院校、厅级单位。设置中文、政治、外语、数学、理化、农基、体育、艺术等8个系10个专业。1971年，学院恢复招生。

合并建校

1995年6月27日，国家教育委员会批准，由齐齐哈尔师范学院和齐齐哈尔轻工学院合并组建齐齐哈尔大学。1996年3月22日，黑龙江省编委批准齐齐哈尔大学下设齐齐哈尔大学工学院和齐齐哈尔大学师范学院”。11月21日，齐齐哈尔大学正式揭牌。同年，学校获得硕士学位授予权。1999年，学校通过教育部本科教学工作合格评价。2002年2月，黑龙江省商业贸易学校，黑龙江省化学工业学校并入齐齐哈尔大学，同时撤销黑龙江省商业贸易学校、黑龙江省化学工业学校建制。2003年7月，克山师范专科学校并入齐齐哈尔大学。

2008年9月，被黑龙江省人民政府列入《黑龙江省高等教育强省建设规划》重点建设的十所高水平大学行列。同年，学校成为全国高等学校特色专业建设高校。2009年4月16日，学校与北大荒集团绥化分公司共同组建的饮料工程技术校企研发中心揭牌成立。2018年2月，学校入选黑龙江省高水平大学和优势特色学科建设高校。同年，齐齐哈尔林业学校转隶至齐齐哈尔大学。2022年，学校入选黑龙江省特色学科建设高校。