1978年秋，嘉积镇初级中学创办，由嘉积镇政府领导，招收初中一年级新生三个班。当时没有校舍，借五七小学开课，校址在嘉积镇加囊坡（今琼海市第一小学校址）。

1980年秋，五七小学并入嘉积镇一小（《海南省中等学校校史调查 上》显示并入学校为嘉积镇二小），遗下校址拨归嘉积镇初级中学。

1981年10月，经县人民政府批准，更名为“琼海县嘉积第二中学”，同时改由县直接领导。

1984年8月，开始招收高中一年级学生，成为完全中学。

1992年11月，琼海撤县设市后，正式更名为“琼海市嘉积第二中学”。

1995年9月，迁址嘉积镇双拥路东侧重建。

2007年，被海南省教育厅评为“现代教育技术实验优秀学校”和“实验教学优秀学校”。

2016年6月，被评为全国学校体育工作示范校。

2017年12月，被评为全国青少年校园足球特色学校。

2019年6月，被评为海南省中小学美育示范学校。

2020年10月，被评为全国青少年校园篮球体育传统特色学校。