2014年，北京清华长庚医院实行全院床位统一管理，是全国最早探索“共享床位”管理模式的医院之一。

2019年，清华长庚医院二期工程启动。

2024年10月，清华大学附属北京清华长庚医院（与清华大学共同研发的穿刺手术机器人项目取得新进展。该项目获得中国食品药品检定研究院出具的磁共振穿刺导航定位手术系统型式检验报告，标志着国内首台（套）多影像多专科磁共振兼容手术机器人的产品化突破，将精准助力脏器微创手术治疗。

2025年4月21日，沈阳药科大学与北京清华长庚医院签署战略合作框架协议。

2025年5月28日，北京清华长庚医院二期正式启用。北京清华长庚医院二期工程总建筑面积15·6万平方米，设置500张床位，未来该院每日接诊患者能力将达到近万人次。据了解，二期工程重点建设“妇儿中心”，增加京北地区妇产科、儿科的优质医疗服务资源。