医院充分借鉴台湾长庚纪念医院和国际顶尖学术型医院的先进医学教育理念和成功经验，创新医学教育模式和方法，业已建立了完善的住院医师-专科医师一体化培训体系，启动了基于器官系统的临床医学md教育体系建设。医院于2018年成为国家住院医师规范化培训基地和国家专科医师规范化培训试点基地。肝胆胰外科成为国际临床专科fellowship培训中心；泌尿外科成为世界腔内泌尿外科学会（endourology society ）fellowship培训基地，同时获批欧洲泌尿学会“set up”泌尿外科内镜手术标准化培训项目。2018年12月，医院获批为首批国家临床教学培训示范中心。

医院以解决临床问题和满足社会健康需求为引擎，依托清华大学雄厚的综合性学科优势创建了跨学科、跨领域交叉融合的清华健康科技创新体系，形成b2b2c（即bedside-bench-customer）临床转化科学研究体系。五年来，科技创新体系与科技创新平台已经建立，依托医院成立了清华大学精准医学研究院，30个专业获得国家药物临床试验资质，46个专业备案国家医疗器械临床试验资质；科研人才梯队初具规模，创新成果崭露头角。