北京清华长庚医院秉承“医疗服务以患者为中心，医院运营以医师为核心，医院发展以员工为重心”的宗旨，创立并践行精准医疗、精益管理、精诚服务的“三精医疗”理念，着力打造现代健康医疗服务体系。医院致力于建构卓越医师培养体系和先端健康科技创新体系，塑造医教研三位一体的国际化学术型医院（academic hospital）。医院开业之初即确立以国际一流医学中心为目标的“三步走”十年发展规划，即2014—2017年，“综合建构，奠定基础”；2018—2020年，“特色发展，塑造品牌”；2021—2025年，“卓越品质，成就一流”。

北京清华长庚医院借鉴并在地化台湾长庚纪念医院管理模式，构建现代医院管理体制和运营模式，实行党委领导下的院长负责制，专业化医疗团队与职业化行政团队分工协同治理，提高医院管理的效率和效益。

医院以优越的事业平台、舒心的工作环境和体面的薪酬待遇，从海内外引进了一批优秀的专家，组成高水平医疗团队。首任院长董家鸿为国际著名肝胆胰外科和肝脏移植专家，于2017年当选中国工程院院士。医院实行attending医师负责制、全责护理制和全人照护模式，并全面推行以疾病为导向的整合式医疗，持续优化医疗流程，为各类病患提供高效、优质、经济的诊疗服务。