1989年，黔东南州民族博物馆被定为贵州省外事旅游活动参观点。

2000年，黔东南州民族博物馆被贵州省委、省人民政府命名为爱国主义教育基地。

2007年，黔东南州民族博物馆被国家民委命名为全国民族团结进步教育基地。

2019年7月15日，凯里市人民政府正式将黔东南州民族博物馆挂牌为凯里市历史建筑。

2022年1月，拟入选2021-2025年全国科普教育基地第一批认定名单。

2022年3月30日，被中国科学技术协会评为首批全国科教基地。