平凉市博物馆先后获得文化部“全国公共文化设施管理先进单位”、团中央“中国青少年社会教育‘银杏奖’优秀团队”、平凉市“第二十二批市级文明单位”等荣誉称号；免费开放绩效考评连续九年获得全省优秀等次；2016、2017连续两年荣获平凉市宣传思想文化工作创新成果提名奖；《陇宝泾华—平凉历史文化陈列》入选国家文物局2020年度“弘扬优秀传统文化、培育社会主义核心价值观”主题展览推介名单；全国科普教育基地、甘肃省爱国主义教育基地、兰州大学教学科研基地等30余项荣誉称号。

2020年，平凉市博物馆入选“第四批国家一级博物馆名单”。

2023年10月30日，平凉市博物馆被甘肃省科学技术协会命名为“2024—2028年度甘肃省科普教育基地”。

2024年1月，平凉市博物馆以96分的高分，位列甘肃省免费开放博物馆第一名。