近年来，医院先后获得全国民族团结进步模范单位、全国精神文明建设工作先进单位、全国卫生系统思想政治工作先进单位、全区文明标兵单位、自治区百佳医院、全区会计工作先进集体、全区抗击非典工作先进集体、自治区医学会先进集体、全区卫生工作先进单位、自治区首届五一劳动奖状、全区文化科技卫生“三下乡”先进集体、全区思想政治工作先进单位、自治区模范职工之家等荣誉称号。涌现出了一批优秀科室、先进工作者和劳动模范，妇产科先后获全国三八红旗集体称号和全国巾帼文明岗称号、神经内科获全国五一巾帼标兵岗称号，并有三名同志获得全国“五一”劳动奖章。

2020年11月20日，入选“第六届全国文明单位名单”。

2021年5月，被内蒙古自治区党委、自治区人民政府评为“内蒙古自治区抗击新冠肺炎疫情先进集体”。

2021年5月，锡林郭勒盟中心医院党委被授予“内蒙古自治区先进基层党组织”称号。