前身溯源

内蒙古农牧学院

1952年，全国高校院系调整，河北农学院、平原农学院的畜牧兽医系、山西医学院的兽医系合并建立内蒙古畜牧兽医学院。设置畜牧系和兽医系。

1958年，学校增设农学系。

1960年，学校建立农牧业机械化系、植物保护系；同年秋，改名为内蒙古农牧学院。

1963年，学校被列为华北地区重点高等农业院校。

1978年，学校开始招收研究生。

1993年，学校成为自治区具有博士学位授予权的学校。

内蒙古林学院

1958年9月，内蒙古林学院在大兴安岭扎兰屯镇的扎兰屯林业学校校址筹建；同年11月，学校正式开学。

1960年7月，学校迁往呼和浩特市。

1966年秋，学校停止招生。

1971年，撤销内蒙古林学院，只保留林学系并入内蒙古农牧学院。

1978年9月，内蒙古自治区党委决定在原址恢复内蒙古林学院；同年12月，得到教育部批准。

合并发展

1999年3月，内蒙古农牧学院和内蒙古林学院合并组建内蒙古农业大学。

2001年，学校成为国家西部大开发“一省一校”重点支持建设的大学。

2010年，入选国家”特色重点学科项目“。

2011年底，入选国家建设高水平大学公派研究生项目。

2012年，学校成为原国家林业局和自治区人民政府“省部共建”高校；同年，学校入选“中西部高校基础能力建设工程”。

2013年，学校进入国家“中西部高等教育振兴计划”支持院校行列。

2013年05月，被授予了“雷锋大学”牌匾，这是中国首个“雷锋大学”称号。

2020年7月，学校入选第二批高校国家知识产权信息服务中心建设名单。

2021年5月，成为高等农林院校课程思政联盟理事会员单位。

2023年4月6日，内蒙古农业大学乳业学院揭牌仪式在内蒙古农业大学举行。

2023年6月16日，内蒙古科学技术研究院作为“蒙科聚”创新驱动平台的成果转化领军机构，牵头内蒙古大学、内蒙古师范大学、内蒙古农业大学、内蒙古工业大学、内蒙古科技大学等5所高校成立产学研科技成果转化共同体。

2023年10月20日上午，学校在第七会议室举行特聘教授聘任仪式，校党委副书记、校长高聚林与安东尼·比斯利教授签订聘任协议，聘任安东尼·比斯利教授为学校战略科学家、草原与资源环境学院名誉院长、草地碳汇国际联合实验室（筹）首席科学家，聘期为5年。10月28日，内蒙古农业大学钱学森沙产业学院正式成立。

2024年9月1日上午，内蒙古农业大学在新校区多功能报告厅举办资源与环境学院揭牌仪式暨新农业学科论坛证会。

2025年4月23日，内蒙古自治区农牧业科学院与内蒙古农业大学签署战略合作协议。4月25日，内蒙古农业大学与中国农业科学院农业基因组研究所签署战略合作协议。