仙林校区

南京中医药大学仙林校区占地面积1200余亩，绿化总面积近30万平方米。校区位于南京市仙林大学城内，处于312国道、沪宁高速和连接南京长江二桥、南京长江四桥的南京绕城公路及二环路的“#”字公路网中间，交通便利，环境优美。

汉中门校区

南京中医药大学汉中门校区是南京中医药大学的老校区，校园内的清幽和宁静与不远处新街口的繁华和喧闹相互映衬着，是一块难得的闹中取静之地。进入二十一世纪，随着主校区迁址仙林，汉中门校区正着力打造成“医疗、教育、科研、保健、文化、产业”六位一体，彰显中医药传统文化和科技创新魅力的大学科技园和中医药文化产业园。

泰州校区

南京中医药大学泰州校区位于泰州医药高新技术产业开发区核心区域，匡时路（原名学院路）以南、泰州大道以西、南官河以东区域内，按1196亩左右规划（含教学、科研、生活、教职工住宅等用地），包括原翰林学院482亩、新增校区建设用地454亩、预留研发用地260亩。