20世纪20年代，原中央大学农学院开设的农政科和原金陵大学农学院开设的农业经济组为学院前身。

1952年，南京农业学院成立农业经济系。

1982年，南京农业大学农业经济系成立土地规划教研组。

1992年，南京农业大学成立土地管理学院，并设立全国第一个土地资源管理专业博士点。

2003年，学校以土地管理学院为主组建公共管理学院（保留土地管理学院建制）。

2005年，学院获得公共管理一级学科博士学位授权。

2007年，土地资源管理被列为国家重点学科。

2008年，公共管理被认定为江苏省重点学科，同年土地资源管理专业被评为国家特色专业。

2012年，公共管理（类）被评为江苏省本科重点专业。

2013年，公共管理学科综合训练中心被立项为省级实验教学与实践教育中心。