学校前身

三江、两江师范学堂（1902—1912）

1902年11月5日，张之洞抵江宁（南京）并在呈递给朝廷的《到两江署任谢恩折》中，尤其强调了培养文武人才的紧迫性。张之洞随即将江南高等学堂改为“宁属师范学堂”，并开始筹办三江师范学堂。1903年1月，张之洞到任后不久，三江师范学堂即进入了选址、征地、择工、估算费用等实际建校阶段。1903年2月5日，张之洞正式奏请创建三江师范学堂。

1904年5月13日至7月7日制定《三江师范学堂章程》及相关事务；9月1日，魏光焘奉调闽浙总督，对于三江建校及正式招生开学前繁杂的筹备工作，魏光焘则积极组织实施，有条不紊且卓有成效；三江师范学堂在9月15、16两天举行招生考试。

1906年5月将“三江”改为“两江”，并根据《奏定学堂章程》条例，定名为“两江优级师范学堂”。

南京高等师范学校和国立东南大学（1914—1927）

1912年初，除了东吴大学和金陵大学这两所教会大学以外，江苏境内的公立高等学校如两江优级师范学堂等均已停办，江苏主政者也试图复办两江优级师范学堂或就“两江”校址开办高等师范学校。1914年8月30日，巡按使韩国钧对上述建议作出批复：“由省委派校长，先行筹办”，定校名为“南京高等师范学校”。

1920年4月7日，郭秉文在南高校务会议上首次提出“在南京高等师范学校校址及南洋劝业会旧址建立南京大学”的建议。与会者经过讨论，一致赞成，并决定组成大学筹备委员会。该会通过四次讨论，拟具了初步计划；12月6日，教育部长范源濂委任郭秉文为东南大学筹备员。次日，国务会议一致通过了南高筹建大学的议案，东南大学正式产生。

国立中央大学（1927—1945）

1927年，南京国民政府成立以后，合并江苏境内专科以上的公立学校，组建成一所中国规模最大的国立大学。同年，改国立东南大学为国立第四中山大学，将东大农科改为农学院，李寅恭应聘任森林组讲师。

1928年4月24日，国立中央大学成立，张乃燕任首任校长，学校将原第四中山大学的九个学院调整为文、理、工、农、商、法、医、教八个院系。

金陵大学（1888—1952）

合并组建

南京林学院（1952—1985）

1952年，全国高校院系调整，以南京大学林学院（原国立中央大学林学院）、金陵大学林学院为主体，合并成立南京林学院，是当时全国仅有的三所高等林业院校之一。1955年，由武汉大学森林系、南昌大学森林系和湖北农学院森林系合并组成的华中农学院林学系并入南京林学院。1972年更名为南京林产工业学院。1983年，恢复南京林学院名称。

南京林业大学（1985—至今）

1985年8月6日，南京林学院更名为南京林业大学。1981年中国实施学位制度时，南京林业大学是首批具有硕士学位、博士学位整体授予权的单位之一。1999年，入选第一批国家大学生文化素质教育基地。2000年，学校体制由国家林业局举办划转为江苏省政府举办、国家林业局与江苏省政府共建。2012年，学校入选江苏省卓越工程师（软件类）教育培养计划试点。2013年，南京林业大学入选江苏省“2011协同创新中心”；同年，加入江苏省卓越工程师（机械动力类）教育联盟。

2014年9月，入选国家第一批卓越农林人才教育培养计划改革试点高校；同年，加入江苏省高等学校软件服务外包类专业嵌入式人才培养项目。2017年9月，入选国家“双一流”建设高校。2021年5月15日，成为高等农林院校课程思政联盟理事会员单位。2021年7月18日，为充分发挥南京林业大学在碳汇计量与监测及森林固碳增汇领域的学科专业以及人才智力优势，南京林业大学在图书馆8b116报告厅举行碳中和研究中心成立仪式。2022年2月14日，入选教育部公布的第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单。 2022年10月，南京林业大学与金埔园林股份有限公司合作共建的南京林业大学金埔研究院正式签约成立。2022年11月15日下午，南京林业大学“云峰莫干山家居设计院”成立。2022年11月17日下午，南京林业大学—江苏省瑞华慈善基金会“瑞华经济林研究院”揭牌暨校庆捐赠签约仪式在南京林业大学举行。2023年7月23日，南京林业大学数字林业与绿色发展研究院成立。

2024年1月，南京林业大学竹业研究院成立；8月20日，南京林业大学与南京市溧水区政府全面合作签约仪式暨白马校区启用活动举行；11月15日，南京林业大学瑞华经济林研究院成立。12月1日，南京林业大学江苏省卓越工程师学院暨林业工程学科产教融合联盟成立。

2025年1月9日，南京林业大学—中国福马林业机械研究院成立。3月10日，武夷山国家公园江西管理局与南京林业大学签订全面合作协议，并为武夷山国家公园研究院揭牌。3月31日，南京林业大学、新疆振兴农林牧渔产业融合发展有限公司、中国科学院西北高原生物研究所和江苏省中国科学院植物研究所四方签署合作协议。4月27日，南京林业大学和昭通市人民政府签订合作协议。