自建校以来，历经了二十七届的学生会已逐步形成了一套完整的部门体系和工作制度，南航学生会为学生会委员会领导下的校级学生组织、院级学生组织、年级中心组、班委会四级组织体系。

校级学生组织包括委员会直属中心部门以及作为学生会副主席单位的大学生科学技术协会、学生社团联合会和学生大使团。其中三个副主席单位在委员会的统筹下独立开展工作。委员会直属中心下设十个部门，分别为综合事务部、领英部﹑体育部﹑学习部﹑文艺部﹑权益服务部﹑外联部﹑宣传企划部﹑新闻中心及国际民族交流部，这十个部门具体承担了学生会的日常各项工作，是学生会的主要执行机构。

院级学生组织和年级中心组是学生会组织体系的基层学生会组织成员，在各院团委、辅导员和院学生会的指导下，根据自身特点开展工作。