1956年，吴县唯亭初级中学创建。

1958年，学校被评定为苏州地区重点学校。

1969年3月，甪直中学部分教师学生及办学设备合并到唯亭初级中学，学校开办了高中部；同年，更名为吴县园区二中。同时，唯亭初中也在几个行政村开办“下伸初中班”。直至1996年9月，所有“下伸初中”全部撤销，并入唯亭中学。

1981年春，苏州地区教育局正式批准学校为完全中学，更名为吴县唯亭中学。

1992年，启动学校易地新建工程。

1994年4月，由学校搬迁到新建校址；5月，学校更名为苏州工业园区唯亭中学。

1996年，学校扩大高中部办学规模，发展成六轨制高中。

2001年，被确定为江苏省重点中学。

2003年，转评为江苏省三星级高中。

2004年1月，学校初高中分设，原高中部定名为苏州工业园区第二高级中学；同年3月，转评为江苏省三星级高中。

2006年，学校开始扩建，并于2007年6月竣工。

2008年，获评江苏省四星级高中。

2012年，学校通过江苏省四星级高中复评。

2016年，学校改扩建工程启动。

2017年，学校青剑湖项目启动建设，建成后为苏州工业园区第二高级中学星湖街校区。

2018年，二期改造工程启动。

2019年9月，学校星湖街校区启用。

2020年4月，苏州工业园区第二高级中学正式更名为南京航空航天大学苏州附属中学。