1999年10月19日，经原中国航空工业总公司和江苏省教育委员会批准，南京航空航天大学金城学院成立，为民办二级学院。

2004年，经中华人民共和国教育部批准，学校改制为独立学院，并迁址至禄口街道。

2015年12月，学校工会被江苏省总工会授予“江苏省模范职工之家”称号。

2018年1月，学校撤销系并成立二级学院；3月，学校工会被评为省级“三星级职工之家”；4月，学校机电工程与自动化学院被江苏省总工会授予“江苏省工人先锋号”荣誉称号。

2022年11月2日，“南京航空航天大学金城学院科技研究院”揭牌成立；11月25日，学校在原基础教学部思政教研室的基础上组建马克思主义学院。

2023年6月16日，学校高淳校区奠基；12月，学校联合32家高校和企业单位成立了“数智制造产教融合联盟”。

2024年5月，“南京航空航天大学金城学院产教协同创新中心”揭牌成立。