宁波市教育科学研究所内设以下研究机构：

教育发展研究室

主要负责宁波市教育改革与发展的宏观和决策研究，关注国内外发展态势，了解理论的前沿进展，经常向领导机关提供发展资讯。

教育心理研究室

主要负责教育心理学的理论研究与实践研究，中小学教师与学生的心理健康教育和咨询干预，省级心理咨询师的培训和督导。

基础教育研究室

主要负责基础教育改革与发展的理论与实践研究，主管市直属学校(单位)的教育科研工作，与局基础教育处保持密切联系，关注课程改革的进展，了解一线教师的需求。

职业成人教育研究室

主要负责职业与成人教育改革与发展的理论与实践研究，主管全市职业与成人学校的教育科研工作，与局职业成人教育处保持密切联系，协同完成调研任务。

高等教育研究室

主要负责高等教育改革与发展的理论与实践研究，主管在甬高校的教育科研工作，与局高等教育处保持密切联系，协同完成调研任务。

教育科研培训中心

主要负责全市教育科研培训的计划、组织与实施，主管教育科研学术带头人培训、教育科研骨教师培训、教育科学规划课题负责人培训与外出“访学”培训。

<<宁波教育科研>>编辑部

主要负责<<宁波教育科研>>杂志的组稿、选编、排版、审校工作，确保刊物质量，提高编辑水平，争取公开发行。