1999年5月，建校时名江西航天科技专修学院。

2001年4月，经江西省人民政府批准升格为高职院校，定名为江西航天科技职业学院。

2005年5月，经教育部批准升格为江西省首批民办本科高校，定名为南昌理工学院。

2009年4月，经江西省人民政府学位委员会批准为学士学位授予单位；同年被列为教育部网络助学综合改革试点单位。

2012年11月，学校顺利通过教育部本科教学合格评估。

2016年4月，学校与华东交通大学开始联合培养研究生。

2017年4月，被江西省人民政府学位委员会列为“十三五”硕士授权立项建设单位。

2018年2月，被教育部命名为国防教育特色学校；11月，顺利通过了教育部本科教学工作审核评估。

2020年，被江西省民政厅授予“5a”级社会组织。

2021年，被江西省人民政府学位委员会列为“十四五”硕士授权立项建设单位。

2023年5月，南昌理工学院电子信息现代产业学院揭牌。

2022年11月，获批全国科普教育基地。

2023年，获批省级院士工作站，被省政府授予省级教学成果特等奖。

2024年8月，根据国家自然科学基金委员会公布的2024年度国家自然科学基金项目评审结果获悉，南昌理工学院电子与信息学院博士研究团队申报的《库坝系统水下缺陷仿生视觉检测方法》(项目批准号：62463021)项目，经过层层严格评审，成功获批立项，并获得直接经费32万元。