截至2025年1月，南京医科大学已扩展至江宁校区、五台校区，并筹备常州校区。

五台校区

南京医科大学五台校区位于鼓楼区五台山南麓，占地120亩。自1934年建校以来，历经更名与迁址，于1957年迁至南京，更名为南京医学院，后发展为南京医科大学。2015年，学校重心南迁江宁，五台校区继续承担教学、科研、临床等任务。根据学校官网显示，截至2024年5月，常驻单位包括多个临床医学院、研究院及附属医院等。校区实行条线管理，2016年成立五台校区管理委员会，由校领导和相关部门负责人组成，管理办公室负责日常协调。南京医科大学五台校区

江宁校区

南京医科大学江宁校区位于南京市江宁区龙眠大道101号，地处南京江宁大学城东北部。校区背依东山镇，地理位置优越，东临宁杭高速公路和高速铁路，北侧接壤天元路和104国道，西侧则是大学城60米宽的景观大道。该校区于2002年开始建设，总占地面积达到2000亩，其中学校教学用地为1500亩，附属医院占地300亩，剩余200亩为教职工生活用地。