学校最早追溯到明成化五年（1469）的“长乐学宫”。

清光绪二十八年（公元1902年），欧化东来，长乐知县赵子瑗倡议募筹建校，校址设在华城紫金山，委张重瀛、陈元煜、吉逢孙为正副总办，由吉梓庵督建完成（旧称“正校”，后称“团结楼”，即现“校友综合大楼”原址）。之后。再行劝募建筑，于光绪三十一年（1905）冬完成上下相连五栋校舍。同年，在学宫开办第一期师范传习所，知县王子沂自兼监督，第二期于光绪三十二年（1906）移设新校，以吉逢孙任监督，并设劝学所。光绪三十三年（1907），师范停办，创办长乐官立模范小学堂。后又设师范班一期，自治研究班一期，体育练习班一期。

宣统三年（1911）辛亥，知县于祖谦请准改办中学，初名长乐官立中学堂，即现“长乐学宫”，学制5年。吉逢孙首任校长，原有劝学所及小学俱移设他处，校舍全归中学使用。民国二年（1913）改称长乐县立中学校。三年（1914），长乐县更名为五华县，学校随县名易名为五华县立中学校。七年（1918），学制改为4年。十二年（1923）秋，实行新学制，中学分为初、高两级，均三年毕业。十四年（1925），时任黄埔军校政治部主任的周恩来等率领的东征军主力第一团曾驻“长乐学宫”，并在此开展五华革命运动，组建五华县民主革命政府，亲自指导学生成立“新学生社”。

因房屋年久失修现周恩来驻长乐学宫陈设物品等被迁至五华中学和平楼即五华中学党史室。

十七年（1928），增办高中师范班，并在学宫内附设小学部。十八年（1929），校名易为五华县第一中学校。二十四年（1935）秋，普师班毕业后，改招普通高中班，为县内第一所完全中学，高初中每年分春、秋季招收新生。

转水练溪，靠租借民房、神庙上课。二十九年（1940）秋，高中迁至华城五口塘，初中迁回校本部。三十年（1941）秋，高中部搬回原校上校。三十一年（1942）秋，增设简易师范（毕业二期），高初中学生增至1200余人。此时，兴宁、紫金、龙川、河源、和平等县有七八十名学生负笈前来就读。三十五年（1946），奉令将“校”字除去，改为“五华县立第一中学”。

1949年5月26日，五华县城华城解放。五华县人民政府委派李抟任校长。1950年，学校易名“五华中学”。1952年下期，乐贤中学归并入华中为华西分教处，同期起改为每年秋季招生，实行减免学费和发放助学金。1954年，县治迁到水寨后，原县府房舍全部拨给学校使用。1956年，华西分校独立。

1961年下期，皇中、潭中、长中三校高中部并入华中。1972年校名改为“华城中学”，华西中学复并入华中，设立分校，1979年下期新桥中学高中部并入华中。1980年上期，华西分校再度独立。同年7月3日广东省政府批准恢复五华中学校名。11月26日，举行盛大的庆祝会。同时决定，此后以“11月26日”为“校庆”纪念日。1983年11月2日。成立“五华中学校友会”。之后，广州、北京、深港、汕头等地相继成立校友会。1998年下期起，初中部停止招收新生，增加高中招生数。2001年上期，初中部最后一届毕业。1998年评为县一级学校。至2006年，高中三个级各50多个班，共有学生3000多人，全校教职员工250多人，学校总面积39600平方米，建筑总面积22835平方米。2006年起，五华中学被设为高考考点。

2022年，120年校庆新操场投入使用。

2023年，新南校门作为五华中学正门投入使用。