1978年，妈祖庙满地残砖破瓦，黄泥碎石，只剩下一祠一殿尚在。从小在妈祖的故乡湄洲岛长大的林聪治立志重建妈祖庙。没有资金，没有工具，没有政府支持，林聪治带领十多位信众自筹资金、建材，自带工具开始了祖庙的重建。随着国家开放和各级政府的支持，林聪治的队伍越来越壮大，参与建庙的信众从岛内扩展至全省，从大陆扩展至海外。经过多年努力，妈祖祖庙建筑群又恢复甚至超过当年鼎盛时期的规模。

2009年，联合国教科文组织决定将《妈祖信俗》列入世界级非物质文化遗产代表名录。湄洲妈祖祖庙也被列入中国全国重点文物保护单位。“妈祖信俗”的司祭、祭品、舞蹈、音乐等通过师带徒方式传承，已确认代表性传承人36人，并被确认为福建莆田市的第一批非物质文化遗产项目代表性传承人。林聪治已经80多岁，是首批36名传承人之一。

2009年9月30日，以妈祖庙为重要物质载体的妈祖信俗成功列入人类非物质文化遗产代表作名录，成为中国首个信俗类世界遗产。

2010年，福建省人民政府批复同意在妈祖庙所在的湄洲岛设立湄洲妈祖文化生态保护实验区，为福建省批准的首个省级文化生态保护区，标志着妈祖文化将在“妈祖故乡”湄洲岛得到进一步的弘扬和保护。

2006年5月25日，妈祖庙被中华人民共和国国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。