大牌坊和长廊

西轴线大牌坊凌空飞檐和磅礴壮丽，全貌凸显呈“三开重檐”状。牌坊嵌有“湄洲妈祖祖庙”庙名，两边有雕梁画栋长廊，依山势递叠而上，与山门连成一体。

宫门

西轴线第一道门称山门，亦称“三门”。山门造型呈皇家城阙状，厅内祀千里眼和顺风耳。清同治八年（1869），由总理船政大臣沈葆桢题奏，赐封二神将为金将军、柳将军。

仪门

宫殿第二道门称仪门。祖庙仪门正中悬挂“圣旨”竖匾，象征妈祖曾受历代帝王褒封，故仪门又称“圣旨门”。

钟鼓楼

一般钟鼓楼在献殿或正殿之前左右对称排列，为守庙人早晚做功课和进行祭祀时击鼓鸣钟表示礼敬。清康熙二十二年敕建湄洲天妃宫正殿，蒋维锬先生提出：据《天妃显圣录》等记载，康熙二十一年（1681），清廷决定发兵平台，福建总督姚启圣曾差官到湄洲祖庙致祝许愿，“恳祷阴光默佑，协顺破逆”。并特委兴化府知府苏昌臣“到湄设醮致祭，随带各匠估置木料，择吉起盖钟鼓二楼及山门一座”。

朝天阁

位于中轴线最高点和正殿的左前方，1989年7月重建，阁内挂台湾鹿港天后宫的黑面妈祖影像。如民国莆田诗人林弼 《湄屿潮音》：“孤屿潮音激不停，千番巨响自泫然。朝天阁上倚栏望，滚滚波涛接碧天。”刘福铸教授《论福建妈祖诗咏的海洋文化特色》说该诗作者叙登祖庙朝天阁，倚栏远望，孤屿潮音，浪涛接天，从听觉和视觉两方面描绘出海天瑰景。

寝殿

寝殿，占地面积238平方米，建于宋雍熙四年(987年)。明洪武七年(1374年)泉州卫指挥周坐重建，永乐初和宣德六年(1431年)郑和重修，康熙二十二年(1683年)姚启圣和康熙二十三年(1684年)施琅均以重修，民国年间再度在旧址重修。单檐歇山顶，面阔三间、进深二间，前额保存民国初重修时的墨书，沿用部分明、清石柱和柱础。

正殿

正殿，明永乐初(1403年)郑和奉旨遣官建造，原为朝天阁，清康熙二十二年(1683年)闽浙总督姚启圣获妈祖保佑建功而扩建祖庙时，把朝天阁重修并改为正殿，为重檐歇山顶、面阔三间、进深三间的抬梁结构建筑。

3·灵慈殿。后殿内主祀便装湄洲妈祖，两边二侍女手上之红灯和黄雀，为妈祖救海难导航之主要象征物。额名“灵慈”，本为元文宗所赐，今用以彰妈祖灵应慈济之懿德。

圣父母祠

圣父母祠，南宋建、明代重建、清代重修，正堂为悬山顶，面阔三间、进深一间，保存宋代天井。该建筑为研究莆田地方古建筑提供了实物资料。湄洲妈祖祖庙-圣父母祠

雕像

湄洲祖庙分别有石雕、玉雕、木雕、泥塑、瓷雕与铜铸等妈祖圣像。在庙区制高点上的妈祖石雕像，高14·35米，用365块白色花岗岩雕拼起来。这尊石雕像展现出妈祖仪态雍容，面部慈祥，双眼炯炯，饱含深情，遥望大海；头戴冕疏，身着霞帔，手抱如意，脚踏波涛；被人们誉为“东方和平女神”，并接受海内外信众瞻仰与朝拜。妈祖公园里栩栩如生的妈祖故事群雕讲述妈祖生平传说，人物造型生动活泼，多角度再现她涉波履险与救苦救难的动人场景，体现其大智大勇大爱的人格魅力。