1996年，良渚古城遗址被中华人民共和国国务院公布为第四批全国重点文物保护单位。

2001年12月26日，杭州市第九届人民代表大会常务委员会第三十九次会议通过《杭州良渚古城遗址保护管理条例》。

2013年，良渚古城遗址被被国际考古界选入“2011—2012世界10项考古新发现”。

2013年11月22日，浙江省第十二届人民代表大会常务委员会第六次会议批准《杭州良渚古城遗址保护管理条例》（修订）。

2018年1月26日，中国联合国教科文组织全国委员会秘书处致函联合国教科文组织世界遗产中心，正式推荐“良渚古城遗址”作为2019年世界文化遗产申报项目。

2019年7月6日，良渚古城遗址获准列入世界遗产名录（地理位置：n302344e1195927，遗产编号：1592）。