2007年起，在良渚古城遗址发现了占地约3平方千米的良渚古城，之后还在古城之外，发现了占地约8平方千米的外城郭迹象。同年9月，在莫角山北侧的河池头村发现了东西分布的底部铺垫石头的类似遗迹，东段与雉山相接。同年10月下旬，在莫角山东侧找到了南北向分布的相关遗迹。同年11月找到了莫角山南侧的相关遗迹。考古人员初步判断，这种底部铺垫石头的遗迹应是良渚文化时期围绕莫角山四周的古城墙。

2007年12月，考古队员先发现了良渚时期的古河道，又发现了几块人工堆筑的石块，由于这一遗迹位于良渚的最重要地带——莫角山遗址西侧平行约200米，考古人员推测这可能是莫角山遗址的西城墙。于是，省考古所向国家文物局申报了在莫角山周边的考古调查，并得到了批准。

2023年11月29日，国家文物局举行“考古中国”重大项目重要进展工作会，通报了浙江杭州良渚古城及水利系统遗址等4项考古最新进展。良渚古城及水利系统遗址新发现初步廓清了良渚遗址群经历了利用山前地貌建设散点式聚落，到规划建造水利系统、莫角山和反山，再到构筑带有城墙、外郭的良渚古城等三个发展阶段。

2023年12月10日，中华文明探源工程第五阶段发布最新成果，良渚古城遗址新近发现20条水坝。

2024年11月22日，在第二届“良渚论坛”召开前夕，国家文物局在杭州召开“考古中国”重大项目重要进展工作会，介绍了“长江下游区域文明模式”研究项目的最新考古发现，这些发现为解决“何以良渚”提供了更为清晰的答案。