民国二十五年（1936年），浙江省立西湖博物馆的职员施昕更在杭县（今杭州市余杭区）良渚镇发现了良渚古城遗址。

1959年，考古学家夏鼐将良渚古城遗址为代表的史前遗存命名为“良渚文化”。

1980年，良渚古城遗址又先后发现了反山王陵、瑶山和汇观山祭坛、莫角山大型宫殿基址。

1981年，良渚古城遗址考古工作站在瓶窑吴家埠正式建立。

1986年，良渚反山遗址被发现。发掘出11座大型墓葬，有陶器、石器、象牙及嵌玉漆器1200多件。

1987年，瑶山遗址在反山东北约5千米，发掘出12座墓葬，一座祭坛。汇观山东距反山约3千米，发现一座完整的祭坛和四座大墓，大墓中发现大量玉器。

2009年，“良渚古城遗址考古与保护中心”的良渚古城遗址考古工作站挂牌，搬入新建的良渚国际考古保护中心。

2021年7月11日，良渚古城遗址“宫殿巨型木构”展示点正式开放。

2022年7月6日，老虎岭遗址公园正式开放，组成良渚古城遗址完整展示体系。

2023年6月15日，杭州第19届亚运会火种在杭州良渚古城遗址公园大莫角山成功采集。杭州第19届亚运会奖牌“湖山”的设计灵感源自五千年良渚文明。

2025年7月5日，位于良渚古城遗址公园的“良渚vr大空间・神纹之约”对外试运营。这是全球首个以良渚古城为蓝本的全感官沉浸式科技互动体验。访客戴上vr头显，即可走进5000年前的良渚古城，感受“真实”的良渚先民生活场景，解锁“可感知、可互动、可探索”的感官文化体验。在整整35分钟的“时光之旅”中，可以循着神秘良渚神徽的线索，与两代良渚王共历良渚文明兴衰，参与神圣祭祀，直面洪水危机。“良渚vr大空间・神纹之约”靠近公园内的南城墙遗址点，体验空间约有800余平方米，墙面和地面是神人兽面纹、玉琮、玉鸟、陶器等经典良渚文化符号。