医院现有5个国家临床重点专科、3个国家临床重点专科建设项目、6个国家临床医学研究中心分中心、2个甘肃省临床医学中心、31个省级临床重点专科、21个省级医疗卫生重点专业、1个甘肃高校省级重点学科、9个兰州大学临床医学研究型学科、1个院士专家工作站。21个省级质量控制中心、34个甘肃省专科（技术）联盟、45个科研基地。医院拥有2个省级重点实验室（甘肃省环境肿瘤学重点实验室、甘肃省骨与关节疾病重点实验室）；4个省级工程研究中心（甘肃省骨科3d打印工程研究中心、甘肃省消化内镜工程研究中心、甘肃省心脏康复工程研究中心、甘肃省智能超声医学工程研究中心）；13个省级临床医学研究中心（甘肃省消化系统疾病临床医学研究中心、甘肃省骨科临床医学研究中心、甘肃省泌尿系统疾病临床医学研究中心、甘肃省神经系统疾病临床医学研究中心、甘肃省超声影像临床医学研究中心、甘肃省眼科临床医学研究中心、甘肃省急诊医学临床医学研究中心、甘肃省普通外科微创治疗临床医学研究中心、甘肃省血液病临床医学研究中心、甘肃省肾脏疾病临床医学研究中心、甘肃省耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心、甘肃省风湿免疫疾病临床医学研究中心、甘肃省功能及分子影像临床医学研究中心 ）；1个省级科技创新服务平台（甘肃省高原高发肿瘤生物样本库）；5个省级国际科技合作基地（神经病学疾病精准诊疗甘肃省国际科技合作基地、脊柱疾患疼痛机制研究及治疗甘肃省国际科技合作基地、泌尿系统疾病转化医学研究与应用甘肃省国际科技合作基地、医学影像人工智能甘肃省国际科技合作基地、心血管病甘肃省国际科技合作基地）；5个省级行业技术中心（甘肃省智能骨科行业技术中心、甘肃省介入超声装备应用行业技术中心、甘肃省胃肠道肿瘤精准诊疗行业技术中心、甘肃省医用核磁共振装备应用行业技术中心、甘肃省神经内镜诊疗行业技术中心）；1个引才引智基地（甘肃省环境肿瘤学引才引智基地）、1个海智工作站（甘肃省海智工作站（兰州大学第二医院）），1个萃英生物医学研究中心；12个院级重点实验室（神经外科、耳鼻咽喉头颈外科、肝胆胰外科、放射影像、心血管疾病防控、消化疾病、肾病、药物基因组学、内分泌代谢、眼科、急诊医学和人源化动物模型重点实验室）。获批五星高级卒中中心、甘肃省i级创伤中心、甘肃省危重孕产妇救治中心、甘肃省危重新生儿救治中心、甘肃省心理卫生中心、甘肃省听力障碍诊断中心、甘肃省眼科疾病干部保健中心、甘肃省儿童青少年健康指导中心等专科专病诊疗中心，通过中国胸痛中心、中国高血压中心、中国房颤中心认证，建成中国西部首家“内镜培训基地”以及西北地区首家直通梅奥国际会诊中心。

教学科研

（据2024年4月兰州大学第二医院官网信息显示）