根据上述职责，区农业林业局设5个职能科室。

（一）办公室（挂行政许可科牌子）

负责综合协调、工作目标责任制考核督查和处理机关日常工作；负责局长办公会议安排、记录，整理纪要、决议以及决定事项的贯彻落实工作；负责全局性的会议组织、文电办理、政务信息、新闻宣传、机要保密、督查落实、档案管理、日常接待等工作；组织、承办综合性报告、总结、文件、重要会议文稿、领导讲话稿等材料的起草工作。制定局机关内部规章制度并组织实施；牵头办理党代表提案、人大代表建议、政协委员提案工作；负责完善办公条件及后勤服务工作；负责局机关财务、基建、房产、物业、车管、食堂、卫生、保卫等事务工作。依法统一负责农业林业行政许可项目的审批、核准、审核工作。

（二）人事科教科

研究提出深化农业行政管理体制改革的政策建议；负责局机关和直属单位的机构编制、组织、人事、劳动工资、继续教育、出国政审、人才引进及离退休人员管理、服务等日常工作；参与全区农业专业人才和农村实用人才队伍建设；负责全区农业系列专业技术资格评审；协助有关部门做好农民技术职称评定工作；协助相关部门开展农业行业特有工种和职业技能开发工作；拟订推进农科教结合的政策措施，实施科技兴农战略；拟订农业科技、教育培训、技术推广发展规划及有关政策；指导乡镇农技基层队伍建设；指导与管理农业科技、农技推广体系建设；负责农科教协作、农业产业技术体系建设；负责农业科技宣传、指导与管理工作；负责农业科技项目的遴选及实施；负责农业科技计划、科技成果、科技奖励的拟订、鉴定、评奖工作。

（三）调研与产业发展科

组织拟订全区农业和农业产业发展政策，参与提出有关农业支持保护政策建议；负责农业产业发展、农业产业化经营和外向型农业发展的综合协调工作；负责全区农业系统有关调研课题的协调和组织实施工作；拟订全区农业产业化发展、现代农业园区建设的有关政策和规划并组织实施；负责现代农业园区、粮食生产功能区、农业产业化项目管理工作；负责农业龙头企业、农产品运销大户的培育和指导；指导高效生态农业、设施农业、休闲观光农业、农产品加工与流通工作并提出相关政策建议；参与农村改革与发展重大问题的调查研究，提出全区农业和农村经济发展战略和政策措施，参与制定重要农业、农产品购销政策及宏观调控措施；指导全区农产品展示展销工作；承担农业产业协会、农业龙头企业协会和区外农业组织建设的日常工作；参与全区政策性农业保险工作；指导全区农业产业信息化建设；参与组织农产品价格、成本调查，预测并提供农产品供求情况等经济信息。

（四）农产品质量安全监管科

负责农产品质量安全监管体系建设；负责拟订农业产业的技术标准并组织实施；负责农产品品牌的培育、保护和发展；组织开展农产品质量安全风险评估；组织实施农产品质量安全监测；组织、指导农产品检验检测体系建设，负责农产品质量安全检测机构的考核工作；组织实施符合安全标准的农产品认证和监督管理；负责农产品产地环境调查、监测、评价和农产品禁止生产区域划定建议工作；组织农产品质量安全监督管理的有关工作；牵头组织农产品质量安全重大事故的调查及突发事件的应对工作。拟订无公害农产品、绿色食品发展规划及有关政策；指导无公害农产品、绿色食品、有机食品的产地认定、产品认证及农产品地理标志的申报；负责全区无公害农产品、绿色食品、有机食品的标志管理和质量监督；负责无公害农产品、绿色食品体系建设和人员培训与宣传工作。

（五）法规科

拟订有关农业行政管理的规范性文件草案；组织开展农业农村经济政策法规实施调研；牵头协调重大突发事件应急管理和农业行业安全生产；参与研究提出深化农村经济体制改革的意见；拟订有关农业和农村经济行政管理的政策，起草地方性农业法规和规章；负责农业法制宣传教育、农业行政执法体系建设；负责农业法制和执法监督；负责行政执法证件管理、执法人员专业法律知识培训；负责审核以局名义作出的规范性文件、行政处罚等行政行为；承担局本级的农业信访、行政复议、听证、应诉、理赔和错案责任追究工作；会同有关单位做好农业行政执法责任制和社会治安综合治理的有关工作。