根据上述职责，省环境保护厅设13个内设机构：

（一）办公室（国际合作处）

协助厅领导协调处理政务工作和机关日常工作，负责文电、会务、机要、信息、档案、保密、督查、政务公开和行政接待等工作。参与处理涉外环境保护事务；协调管理环境保护国际合作项目工作；负责全省环境保护系统外事工作。

（二）规划财务处

组织编制我省环境功能区划，审核环境功能区划和环境保护专项规划；管理有关环境保护资金；提出环境保护领域财政专项资金安排建议，并配合有关部门做好组织实施和监督工作；负责全省环境保护能力建设项目的组织实施和监督管理工作；承担机关、直属单位的财务、国有资产管理、内部审计工作。

（三）政策法规处（宣传教育处）

研究拟订省环境保护政策；负责起草相关法规和规章草案；承担机关文字综合、有关规范性文件的合法性审核工作；组织开展执行环境保护法律、法规情况的检查；承担机关行政复议、行政应诉等工作。编制并组织实施全省环境保护宣传教育纲要；组织开展生态、环境相关教育工作；承担厅新闻审核和发布工作。

（四）人事处

负责机关和直属单位的人事、机构编制工作；承担地方环境保护系统领导干部双重管理的有关工作；承担并指导地方环境保护行政体制改革的有关工作；承担机关离退休干部日常管理等工作。

（五）环境安全应急处

负责编制、修订地方环境安全应急预案；负责环境应急信息通报和应急预警工作；牵头协调省重特大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理；指导、协调地方政府突发环境事件的应急、预警工作；协助有关单位组织重特大突发环境事件损失评估等工作;对民用核设施安全、放射源安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治进行监督管理；对核材料的管制和民用核安全设备的设计、制造、安装和无损检验活动实施监督管理；负责环境信访工作。

（六）科技与环保产业处

承担环境保护科技工作；会同有关部门拟订省环境标准、环境基准和技术规范；负责省环境保护重大科技成果的管理和推广；参与制定地方环境保护产业发展政策、规划；参与指导和推动循环经济与环境保护产业发展。

（七）污染物排放总量控制处

拟订和组织实施主要污染物排放总量控制制度；贯彻落实国家排污许可证制度相关制度，负责水污染物排放许可证审批和发放；拟订全省污染物总量控制计划；考核总量减排情况；承担环境统计和污染源普查工作。

（八）环境影响评价处

承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；监督管理全省环境影响评价机构资质和相关执业资格。

（九）项目管理处

负责上报审批的重大项目的推进协调工作；组织开展在建项目的环境监理、环境保护竣工验收工作；监督管理环境监理机构资质和相关执业资格。

（十）环境监测处

组织开展环境监测；贯彻实施国家环境监测制度和规范；调查评估地方环境质量状况并进行预测预警；承担省环境监测网和环境信息网的有关工作；指导全省环境监测队伍建设和业务工作。

（十一）污染防治处

组织开展地方环境形势综合分析研究；贯彻实施国家有关水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治法规和规章；组织实施排污申报登记、跨界河流断面水质考核、城市环境综合整治工作等环境管理制度；组织拟订有关污染防治规划并对实施情况进行监督。

（十二）自然生态保护处

负责编制省生态保护规划；负责提出新建省级自然保护区申报、审批意见；对省级自然保护区的保护工作进行监督管理；组织开展生态状况评估、生物多样性保护、生物遗传资源保护工作；指导生态示范创建；指导、协调全省生态建设工作。

（十三）农村环境保护处

承担农村生态环境保护工作；拟订农村环境保护规划；组织、指导农村环境综合整治工作；监督、指导农村土壤污染防治工作；监督、协调有机食品发展工作；指导生态农业建设，指导、监督小流域污染综合治理、养殖污染综合防治、农村面源污染防治、小集镇污染综合治理、农村饮用水源地保护等工作。

机关党委　负责机关和直属单位的党群工作。

设置纪检组、监察室　合署办公，负责纪检和行政监察工作。