根据上述职责，市审计局设13个内设机构：

（一）办公室

负责机关文电、会务、机要、档案、信访、督查督办、安全保密、信息、统计、政务、财务、社会治安综合治理、后勤保障、议案建议及提案办理、综合性文稿起草、机构编制、人事、教育培训、目标管理、党群等工作；拟定并组织实施审计系统人才队伍建设规划。

（二）政策法规科

对本部门起草的规范性文件进行合法性审查；拟定全市审计工作规划和年度计划，安排调整年度审计项目计划；审理复核有关审计事项，检查审计决定执行情况，督促纠正和处理审计发现的问题；依法办理审计行政复议、应诉听证或市人民政府裁决的有关事项，配合有关部门查处相关重大案件；负责组织核查社会审计机构出具的依法属于审计机关监督对象的审计报告，指导全市审计法制工作。

（三）财政审计科

组织审计市级政府预算执行和其他财政收支情况，审计各县、特区、区人民政府预算执行、决算和其他财政收支情况；开展相关专项审计调查。

（四）行政事业审计一科

审计市级机关、市人民政府驻外办事机构的预算执行和其他财政财务收支；组织全市有关行业审计工作；开展相关专项审计调查。

（五）行政事业审计二科

审计与市级财政有拨款关系的事业单位、社会团体预算执行和其他财政财务收支；组织全市有关行业审计工作；开展相关专项审计调查。

（六）农业与资源环保审计科

组织审计市人民政府主管部门和各县、特区、区及乡（镇、办事处）政府管理的农业、水利、林业、资源环保资金、扶贫资金及其他涉农专项资金的筹集、管理、使用、效益情况；开展相关专项审计调查。

（七）固定资产投资审计一科

组织对重大技术改造项目、国有施工企业、设计、监理等单位的概预算执行情况和决算；根据省审计厅授权，审计中央、省投资或中央、省投资为主的在市重点建设项目的概预算执行情况和决算；开展相关专项审计调查。

（八）固定资产投资审计二科

组织审计市级投资或市级投资为主的重点建设项目的概预算执行情况和决算；开展相关专项审计调查。

（九）金融与外资审计科

组织审计市级地方国有金融机构的资产、负债、损益状况；根据省审计厅授权，审计监督在市的国家金融部门、保险机构和其他单位的财务收支及资产、负债、损益状况；组织审计国际组织和外国政府贷款、援助及赠款项目的财务收支；开展相关专项审计调查。

（十）经济责任审计一科

参与起草地方性经济责任审计规章制度；负责对县处级领导干部及市直行政单位主要负责人实施经济责任审计。

（十一）经济责任审计二科

负责对市级预算事业单位主要负责人实施经济责任审计；对市管国有企业及国有控股企业法人代表实施经济责任审计。

（十二）企业审计科

组织审计市属国有企业、国有资本占控股或主导地位的企业资产、负债、损益；开展相关专项审计调查。

（十三）社会保障审计科

组织审计市、各县（特区、区）人民政府部门管理的社保基金和受市人民政府委托由其他部门管理的社会保障基金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金；开展相关专项审计调查。

纪检监察机构 市纪委派驻市审计局纪检组，市监察局派驻市审计局监察室。