办公室

组织协调机关日常工作，承办文秘、档案、会议、信息、信访、保密、保卫、宣传、财务等工作；负责机关及直属单位的人事、劳动工作；负责局机关离退休人员管理服务工作；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等宏观调节意见；指导监督直属单位财务工作；指导水利系统人才规划、培训、队伍建设工作。

规划与计划处

承办水利水电基建审查、审批项目、重点补助项目建议书和可行性研究报告的编制、审查工作；负责涉水工程环境影响评价报告的编制工作；安排全市水利年度投资计划；对市级水利资金的使用进行宏观调节；监督全市水利资金的管理和使用；制定水利科学技术发展规划；承办水利科学研究和技术推广工作；承办水利综合统计；负责对外合作交流，管理有关学会协会。

建设与管理处

组织协调水利水电工程项目建设，负责市级项目初步设计审查、审批和其它项目的审查、报批；组织市级水利工程的建设和验收；管理水工程建设和安全运行；监督实施水利行业技术质量标准和水利、水电工程的规程、规范；管理水利设计、工程招投标、监理、施工及施工安全、质量监督、工程造价等工作；负责水利设计、监理、施工、咨询等单位和人员的资质管理；组织对江河、水库和水利工程的安全管理，农村水电电气化建设与管理；组织实施市本级、指导全市城市防洪工程建设与管理。

水政与水资源处

监督水政监察、水行政执法和水土保持执法工作；承办县（市、区）际间的水事、水土流失防治等纠纷调处；参与市际间水事纠纷调处；承办水利行政诉讼、行政复议、水法规宣传和普法教育工作；统一管理和保护水资源；拟定管理和保护河道、水库等水域、岸线、河堤的规章制度并监督实施；组织实施取水许可制度和水资源费征收管理制度；管理河道采砂，受委托核发河道采矿许可证；发布全市水资源公报；组织水功能区划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河水库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见；指导全市农村水利工作和乡镇供水计划用水、节约用水工作；承担市水土保持委员会办公室的工作；指导全市水文工作。

渔业渔政处

制定全市渔业发展、渔业资源开发利用和保护规划、并组织实施；指导全市水产养殖、捕捞、加工、流通等工作；负责全市渔业资源的管理；对渔业捕捞和渔船管理制度、渔业安全生产实施监督、管理；负责渔业资源增殖和水产品质量和水产种苗的监督、管理，负责组织渔业环境监测、保护和水生野生动物保护工作；指导全市渔政执法和水产技术推广工作，承办、参与县际、市际间渔业纠纷调处，承办渔业行政复议和行政诉讼、渔业法规宣传等。