（一）办公室。负责机关日常运转。牵头人大代表建议和政协委员提案的办理。

（二）规划计划处。拟订全市水务改革发展中长期规划、重大区域发展水利专项规划以及综合规划，组织开展全市水务改革和发展重大专题（课题）研究。提出全市水务建设投资规模、方向、项目以及资金安排和年度计划建议并指导执行。组织指导全市水利建设项目前期和投融资。负责水利综合统计和水利普查。

（三）水资源管理处。负责水资源管理、配置、节约和保护。组织实施全市最严格水资源管理制度和取水许可、水资源论证制度，指导开展水资源有偿使用。指导计划供水和节约用水、节水型城市和节水型社会建设。统一管理和监督地下水工作。指导饮用水水源保护有关工作。负责水权交易相关工作并监督实施。负责城市供水行业管理，组织编制全市城市供水发展规划和年度计划并组织实施。指导城市公共供水企业、二次供水设施管理。组织指导地下水超采区综合治理。

（四）建设运行管理处。管理全市水利工程建设，指导全市水利工程建设质量进度以及安全管理，落实行业管理规范。牵头负责水利工程运行管理，组织开展水利工程建设验收及水库工程蓄水安全鉴定。负责水利建设市场信用体系建设。指导水利设施管理、保护和综合利用。组织指导水库大坝降等报废和水利设施注册登记。

（五）农村水利水电处。组织实施农村饮水安全工程建设和运行管理。制定农村供水工程年度建设计划。组织开展大中型灌排工程建设与改造，指导节水灌溉有关工作。指导农村水利改革创新和社会化服务体系建设。指导农村水能资源开发、小水电改造和水电农村电气化工作。

（六）行政审批处（水土保持处）。牵头负责局行政审批和优化营商环境工作。组织编制全市水土保持规划并监督实施。组织、协调、指导全市水土流失的综合防治和监测预报。负责市级生产建设项目水土保持方案审批和监督管理。监督指导昆明市重点水土保持建设项目实施。承办昆明市水土保持委员会办公室日常工作。

（七）河（湖）长制工作处。统筹协调河（湖）长制相关工作，负责市河（湖）长制工作领导小组办公室日常工作。拟订年度河（湖）长制工作要点，协调各成员单位落实工作任务，指导督促县（市）区全面推行河（湖）长制工作。负责全市河（湖）长制工作的组织、协调、督办、会办、分办、考核等工作。

（八）监督处。贯彻执行国家水利安全生产以及水利建设项目稽察的法律、法规、规章、政策和技术标准。监督检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实。依法负责水利行业安全生产。牵头负责水利建设项目稽察。负责水利反恐、水利消防和应急管理。

（九）政策法规处。组织起草水务地方性法规、政府规章和规范性文件草案，组织拟订综合性和重大水务政策。负责规范性文件和重大行政决策合法性审查。组织开展水行政执法，监督指导水政监察，组织查处重大涉水违法事件。负责局规范性文件合法性审查，承办法律顾问、行政应诉、行政复议和行政赔偿。协调跨县（市）区水事纠纷调处。

（十）资产财务处。负责日常财务管理、预算决算编制、政府采购和国有资产管理。统筹协调各级财政资金拨付、监督管理。监督指导全市水利部门以及局直属单位财务管理。协调配合有关部门的审计工作，督促审计整改落实。

（十一）科技外事处。负责局机关并指导直属单位涉外和涉港澳台地区工作。负责因公出国（境）交流、访问、培训学习相关工作，指导水务系统对外经济技术合作与交流。负责局水务科技工作。牵头负责水务信息化建设。指导昆明市水利学会开展工作。

（十二）人事处（离退休人员办公室）。负责局机关和直属单位的干部人事、机构编制、工资福利。负责局机关并指导直属单位离退休干部职工管理。

机关党委。承担局党组党建、党风廉政建设、意识形态的日常工作。负责局机关和直属单位的基层党建和党风廉政建设。负责局机关工青妇以及统一战线工作。